library(magick)显示/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31' not found

galaxy

在RStudio Server上 library(magick)显示/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31' not found

省流：conda下载GLIBCXX_3.4.31，然后cp到/lib64/下

报错信息：

library(magick)
Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
unable to load shared object '/share/apps/repos/R/20240315/lib/R/library/magick/libs/magick.so':
/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31' not found (required by /share/apps/repos/R/20240315/lib/R/library/magick/libs/../../../.././libheif.so.1)

但是我明明记得我conda装过这玩意，于是我不用RStudio Server，直接在终端的conda环境下输入：R，进入R，library(magick)竟能成功。

分析

RStudio Server的R说/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31' not found

终端conda base 环境下的R没报错，说明conda路径下有`GLIBCXX_3.4.31'，而/lib64/没有

检查一下：

#看/lib64/有无GLIBCXX_3.4.31（此处/usr/lib64/几乎通用，无需改路径）
strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX_3.4.31
#看conda路径有无GLIBCXX_3.4.31（此处/share/apps/repos/R/20240315/lib/ 不通用，换成你的conda路径）
strings /share/apps/repos/R/20240315/lib/libstdc++.so.6 | grep  GLIBCXX_3.4.31

结果：conda下有。/lib64/下没有，而RStudio Server的R连的是/lib64/，所以它find不到`GLIBCXX_3.4.31'

解决方案：

用万能的root账户把conda的 GLIBCXX_3.4.31'复制到/usr/lib64/下就行了。

1、如果你的conda也没有GLIBCXX_3.4.31'，那你就用conda装一个

conda install -c conda-forge libstdcxx-ng

2、登录root。在root中操作，确认 conda 的文件存在且有 3.4.31 符号：

ls -l /share/apps/repos/R/20240315/lib/libstdc++.so.6.0.34
strings /share/apps/repos/R/20240315/lib/libstdc++.so.6.0.34 | grep GLIBCXX_3.4.31

应该看到文件存在，且有 GLIBCXX_3.4.31 输出。

3、复制新版到系统路径（覆盖旧的）：

cp /share/apps/repos/R/20240315/lib/libstdc++.so.6.0.34 /usr/lib64/

4、更新符号链接（让 /usr/lib64/libstdc++.so.6 指向新版）：

ln -sf /usr/lib64/libstdc++.so.6.0.34 /usr/lib64/libstdc++.so.6

5、验证系统库现在有 3.4.31：

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX_3.4.31

应该输出 GLIBCXX_3.4.31。

6、关闭浏览器所有 RStudio 标签（一定要彻底关闭！）。
重新登录 RStudio Server。然后就能正常library了

感悟

此环节没有意义，只是debug几个小时后没忍住的bb，我试了改RStudio Server的lib，重装旧版magick....全都不中，没想到cp一下就解决了。🤡