生信人

找回密码
立即注册
搜索
热搜: 活动 交友 discuz
发新帖

0

收听

12

听众

318

主题
发表于 2024-9-3 11:50:56 | 查看: 207| 回复: 2

notebook高级技巧

网上有很多jupyter的使用技巧。但我相信,这篇文章会让你全面涨姿势。很多用法,你应该没见过。

1. 环境变量

默认情况下,jupyter notebook/lab不会读取你主机的环境变量。如果有一些secret(比如账号、密码)需要通过环境变量传递给notebook的话,我们需要修改它的kernel.json文件。

首先,我们通过 jupyter kernelspec list来获取kernel所在的位置。比如,在我们的课程环境中,我们将得到以下输出:

>>> jupyter kernelspec list
Available kernels:
  python3     C:\Users\Administrator\software\anaconda3\envs\lianghua\share\jupyter\kernels\python3
  lianghua    C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\jupyter\kernels\lianghua

我们的课程环境中要使用的kernel,就是lianghua这个名字对应的kernel。下面,我们修改它的配置文件:

用windows vscode修改
C:\Users\Administrator\AppData\Roaming\jupyter\kernels\lianghua\kernel.json 

这个文件类似于:

{

 "argv": [

  "C:\\Users\\Administrator\\software\\anaconda3\\envs\\lianghua\\python.exe",

  "-m",

  "ipykernel_launcher",

  "-f",

  "{connection_file}"

 ],

 "display_name": "lianghua3.12.4",

 "language": "python",

 "metadata": {

  "debugger": true

 }

}

我们增加一项,名为"env":

{
    "metadata": ...,
    "env": {
        "TZ": "Asia/Shanghai"
    }
}

保存后,在notebook菜单栏中选择shutdown kernel,然后重新打开notebook文件。这样我们就可以在notebook中看到新增的环境变量TZ了:

%env #可以看到'AZ'项为上海

在课程学习中,需要配置你自己的tushare-token,或者jqdatasdk的账号、密码,建议你通过这种方式来配置。

2. 魔法命令

几乎每一个使用过Jupyter Notebook的人,都会注意到它的魔法(magic)功能。具体来说,它是一些适用于整个单元格、或者某一行的魔术指令。

比如,我们常常会好奇,究竟是pandas的刀快,还是numpy的剑更利。在量化中,我们常常需要寻找一组数据的某个分位数。在numpy中,有percentile方法,quantile则是她的pandas堂姊妹。要不,我们就让这俩姐妹比一比身手好了。有一个叫timeit的魔法,就能完成这任务。

不过,我们先得确定她们是否真有可比性。

import numpy as np
import pandas as pd

array = np.random.normal(size=1_000_000)
series = pd.Series(array)

print(np.percentile(array, 95))
series.quantile(0.95)
1.6430590195631314
1.6430590195631314

两次输出的结果都是一样,说明这两个函数确实是有可比性的。

在上面的示例中,要显示两个对象的值,我们只对前一个使用了print函数,后一个则省略掉了。这是notebook的一个功能,它会默认地显示单元格最后输出的对象值。这个功能很不错,要是把这个语法扩展到所有的行就更好了。

不用对神灯许愿,这个功能已经有了!只要进行下面的设置:

from IPython.core.interactiveshell import InteractiveShell
InteractiveShell.ast_node_interactivity = "all"

在一个单独的单元格里,运行上面的代码,之后,我们就可以省掉print:

import numpy as np
import pandas as pd

array = np.random.normal(size=1_000_000)
series = pd.Series(array)

# 这一行会输出一个浮点数
np.percentile(array, 95)

# 这一行也会输出一个浮点数
series.quantile(0.95)
1.6467672500218886
1.6467672500218886

这将显示出两行一样的数值。这是今天的第一个魔法。

现在,我们就来看看,在百万数据中探囊取物,谁的身手更快一点?

import numpy as np
import pandas as pd

array = np.random.normal(size=1_000_000)
series = pd.Series(array)

%timeit np.percentile(array, 95)
%timeit series.quantile(0.95)
4.59 ms ± 10.5 μs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)
4.82 ms ± 14.5 μs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100 loops each)

我们使用%timeit来测量函数的运行时间。其输出结果是:

之前测试过是反过来的结果
26.7 ms ± 5.67 ms per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)
21.6 ms ± 837 µs per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10 loops each)

之前的结论看起来pandas更快啊。而且它的性能表现上更稳定,标准差只有numpy的1/7。mean±std什么的,量化人最熟悉是什么意思了。

新台式电脑又是numpy更快,可能后续再测试对比吧。

这里的timeit,就是jupyter支持的魔法函数之一。又比如,在上面打印出来的分位数,有16位小数之多,真是看不过来啊。能不能只显示3位呢?当然有很多种方法做到这一点,比如,我们可以用f-str语法:

f"{np.percentile(array, 95):.3f}"
'1.648'

啰哩啰嗦的,说好要Pythonic的呢?不如试试这个魔法吧:

%precision 3
np.percentile(array, 95)
'%.3f'
1.648

之后每一次输出浮点数,都只有3位小数了,是不是很赞?

如果我们在使用一个第三方的库,看了文档,(下面的omicron我还没安装好,所以沿用了网上的代码)觉得它还没说明白,想看它的源码,怎么办?可以用psource魔法:

from omicron import tf

%psource tf.int2time

这会显示tf.int2time函数的源代码:

    @classmethod
    def int2time(cls, tm: int) -> datetime.datetime:
        """将整数表示的时间转换为`datetime`类型表示

        examples:
            >>> TimeFrame.int2time(202005011500)
            datetime.datetime(2020, 5, 1, 15, 0)

        Args:
            tm: time in YYYYMMDDHHmm format

        Returns:
            转换后的时间
        """
        s = str(tm)
        # its 8 times faster than arrow.get()
        return datetime.datetime(
            int(s[:4]), int(s[4:6]), int(s[6:8]), int(s[8:10]), int(s[10:12])
        )

看起来Zillionare-omicron的代码,文档还是写得很不错的。能和numpy一样,在代码中包括示例,并且示例能通过doctest的量化库,应该不多。

Jupyter的魔法很多,记不住怎么办?这里有两个魔法可以用。一是%lsmagic:

%lsmagic

这会显示为:

确实太多魔法了!不过,很多命令是操作系统命令的一部分。另一个同样性质的魔法指令是%quickref,它的输出大致如下:

IPython -- An enhanced Interactive Python - Quick Reference Card
================================================================

obj?, obj??      : Get help, or more help for object (also works as
                   ?obj, ??obj).
?foo.*abc*       : List names in 'foo' containing 'abc' in them.
%magic           : Information about IPython's 'magic' % functions.

Magic functions are prefixed by % or %%, and typically take their arguments
without parentheses, quotes or even commas for convenience.  Line magics take a
single % and cell magics are prefixed with two %%.

Example magic function calls:
...

输出内容大约有几百行,一点也不quick!

3. 在vscode中使用jupyter

如果有可能,我们应该尽可能地利用vscode的jupyter notebook。vscode中的jupyter可能在界面元素的安排上弱于浏览器(即原生Jupyter),比如,单元格之间的间距太大,无法有效利用屏幕空间,菜单命令少于原生jupyter等等。但仍然vscode中的jupyter仍然有一些我们难于拒绝的功能。

首先是代码提示。浏览器中的jupyter是BS架构,它的代码提示响应速度比较慢,因此,只有在你按tab键之后,jupyter才会给出提示。在vscode中,代码提示的功能在使用体验上与原生的python开发是完全一样的。

其次,vscode中的jupyter的代码调试功能更好。原生的Jupyter中进行调试可以用%pdb或者%debug这样的magic,但体验上无法与IDE媲美。

还有一点功能是原生Jupyter无法做到的,就是最后编辑位置导航。如果我们有一个很长的notebook,在第100行调用第10行写的一个函数,发现出错,要转到第10行进行修改,修改完成后,再回到第100行继续编辑,这在原生jupyter中是做不到的。通常我们只能在这些地方,插入markdown cell,然后利用标题来进行快速导航,但仍然无法准确定位到具体的行。但这个功能在IDE里是必备功能。我们在vscode中编辑notebook,这个功能仍然具备。

notebook适于探索。但如果最终我们要将其工程化,我们还必须将其转换成为python文件。vscode提供了非常好的notebook转python文件功能。下面是本文的notebook版本转换成python时的样子:

转换后的notebook中,原先的markdown cell,转换成注释,并且以# %% [markdown]起头;而原生的python cell,则是以# %%起头,这些单元格仍然是可以执行的。由于配置的原因,在我的工作区里,隐藏了这些toolbar,实际上它们看起来像这样:

这个特性被称为Python Interactive Window,可以在vscode的文档vscode中查看。

我们从notebook转换成python文件,但它仍然可以像notebook一样,逐单元格执行,这就像是个俄罗斯套娃。

收藏回复 显示全部楼层 道具 举报

发表于 2024-9-3 11:51:44

4. JupySQL - 替换你的数据库查询工具

JupySQL是一个运行在Jupyter中的sql查询工具。它支持对传统关系型数据库(PostgreSQL, MySQL)、列数据库(ClickHouse),数据仓库(Snowflake, BigQuery, Redshift, etc)和嵌入式数据库(SQLite, DuckDB)的查询。

之前我们不得不为每一种数据库寻找合适的查询工具,找到开源、免费又好用的其实并不容易。有一些工具,设置还比较复杂,比如像Tabix,这是ClickHouse有一款开源查询工具,基于web界面的。尽管它看起来简单到甚至无须安装,但实际上这种新的概念,导致一开始会引起一定的认知困难。在有了JupySQL之后,我们就可以仅仅利用我们已知的概念,比如数据库连接串,SQL语句来操作这一切。

除了查询支持之外,JupySQL的另一特色,就是自带部分可视化功能。这对我们快速探索数据特性提供了方便。

4.1. 安装JupySQL

现在,打开一个notebook,执行以下命令,安装JupySQL:

%pip install jupysql duckdb-engine --quiet

之前你可能是这样使用pip:

! pip install jupysql

在前一章我们学习了Jupyter魔法之后,现在你知道了,%pip是一个line magic。

显然,JupySQL要连接某种数据库,就必须有该数据库的驱动。接下来的例子要使用DuckDB,所以,我们安装了duckdb-engine。

    DuckDB是一个性能极其强悍、有着现代SQL语法特色的嵌入式数据库。从测试上看,它可以轻松管理500GB以内的数据,并提供与任何商业数据库同样的性能。

在安装完成后,需要重启该kernel。JupySQL是作为一个扩展出现的。要使用它,我们要先用Jupyter魔法把它加载进来,然后通过%sql魔法来执行sql语句:

%load_ext sql

# 连接duckdb。下面的连接串表明我们将使用内存数据库
%sql duckdb://

# 这一行的输出结果为 1,表明JupySQL正常工作了
%sql select 1

4.2. 数据查询(DDL和DML)

不过,我们来点有料的。我们从baostock.com上下载一个A股历史估值的示例文件。这个文件是Excel格式,我们使用pandas来将其读入为DataFrame,然后进行查询:

import pandas as pd

df = pd.read_excel("./history_A_stock_valuation_indicator_data.xlsx")
%load_ext sql

# 创建一个内存数据库实例
%sql duckdb://

# 我们将这个dataframe存入到DuckDB中
%sql --persist df

# 列出数据库中有哪些表
%sqlcmd tables

# 列出表'df'有哪些列
%sqlcmd columns -t df

最后一行命令将输出以下结果:

name type nullable default autoincrement comment
index BIGINT True None False None
date VARCHAR True None False None
code VARCHAR True None False None
close DOUBLE PRECISION True None False None
peTTM DOUBLE PRECISION True None False None
pbMRQ DOUBLE PRECISION True None False None
psTTM DOUBLE PRECISION True None False None
pcfNcfTTM DOUBLE PRECISION True None False None

作为数据分析师,或者量化研究员,这些命令基本上满足了我们常用的DDL功能需求。在使用pgAdmin的过程中,要找到一个表格,需要沿着servers > server > databases > database > Schema > public > Tables这条路径,一路展开所有的结点才能列出我们想要查询的表格,不免有些烦琐。JupySQL的命令简单多了。

现在,我们预览一下这张表格:

%sql select * from df limit 5

我们将得到如下类似的输出:

index date code close peTTM pbMRQ psTTM pcfNcfTTM
0 2022-09-01 sh.600000 7.23 3.978631 0.370617 1.103792 1.103792
1 2022-09-02 sh.600000 7.21 3.967625 0.369592 1.100739 1.100739
2 2022-09-05 sh.600000 7.26 3.99514 0.372155 1.108372 1.108372
3 2022-09-06 sh.600000 7.26 3.99514 0.372155 1.108372 1.108372
4 2022-09-07 sh.600000 7.22 3.973128 0.370105 1.102266 1.102266

%sql是一种line magic。我们还可以使用cell magic,来构建更复杂的语句:

%%sql --save agg_pe
-- example 1
select code, min(peTTM), max(peTTM), mean(peTTM)
from df
group by code

<span style="None">Running query in 'duckdb://'</span>

<table> <thead> <tr> <th>code</th> <th>min(peTTM)</th> <th>max(peTTM)</th> <th>mean(peTTM)</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td>sh.600000</td> <td>3.967961</td> <td>6.929481</td> <td>5.2185864404432145</td> </tr> </tbody> </table>

    在JupySQL安装后,还会在工具栏出现一个Format SQL的按钮。如果一个单元格包含sql语句,点击它之后,它将对sql语句进行格式化,并且语法高亮显示。

使用cell magic语法,整个单元格都会当成sql语句,这也使得我们构建复杂的查询语句时,可以更好地格式化它。这里在%%sql之后,我们还使用了选项 --save agg_pe,目的是为了把这个较为复杂、但可能比较常用的查询语句保存起来,后面我们就可以再次使用它。

我们通过%sqlcmd snippets来查询保存过的查询语句:

%sqlcmd snippets

<table> <thead> <tr> <th>Stored snippets</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td>agg_pe</td> </tr> </tbody> </table>

这将列出我们保存过的所有查询语句,刚刚保存的agg_pe也在其中。接下来,我们就可以通过%sqlcmd来使用这个片段:

query = %sqlcmd snippets agg_pe

# 这将打印出我们刚刚保存的查询片段
print(query)

# 这将执行我们保存的代码片段
%sql {{query}}
select code, min(peTTM), max(peTTM), mean(peTTM)
from df
group by code

<span style="None">Running query in 'duckdb://'</span>

<table> <thead> <tr> <th>code</th> <th>min(peTTM)</th> <th>max(peTTM)</th> <th>mean(peTTM)</th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td>sh.600000</td> <td>3.967961</td> <td>6.929481</td> <td>5.2185864404432145</td> </tr> </tbody> </table>

最终将输出与example-1一样的结果。

回复 显示全部楼层 道具 举报

发表于 2024-9-3 11:52:49

4.3. JupySQL的可视化

JupySQL还提供了一些简单的绘图,以帮助我们探索数据的分布特性。

%sqlplot histogram -t df -c peTTM pbMRQ # 执行报错AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'gca',暂未解决

JupySQL提供了box, bar, pie和histogram。可以使用自己的数据进行探索。

5. 更强大的可视化工具

不过,JupyerSQL提供的可视化功能并不够强大。有一些专业工具,它们以pandas DataFrame为数据载体,集成了数据修改、筛选、分析和可视化功能。这一类工具有, Qgrid(来自 Quantpian),PandasGUI,dtale 和 mitosheet。

Qgrid的目标是为量化研究提供数据探索的工具。他们在Youtube上提供了一个presentation,介绍了如何使用Qgrid来探索数据的边界。不过,随着QuantPian关张大吉,所有这些工具都不再有人维护,因此我们也不重点介绍了。

PandasGUI在notebook中启动,但它的界面是通过Qt来绘制的,因此,启动以后,它会有自己的专属界面,而且是以独立的app来运行。它似乎要求电脑是Windows。

Mitosheet的界面非常美观,可以通过 pip install mitosheet,从notebook中进行安装。不过,安装完成后,需要重启jupyterlab/notebook server。仅仅重启kernel是不行的,因为为涉及到界面的修改。

重启后,在Notebook的工具条栏,会多出一个“New Mitosheet”的按钮,点击它,就会新增一个单元格,其内容为:

import mitosheet
mitosheet.sheet(analysis_to_replay="id-sjmynxdlon")

并且自动运行这个单元格,调出mito的界面。注册登陆后,下面是mitto中可视化一例:

mitto有免费版和专业版的区分,而且似乎它会把数据上传到服务器上进行分析,所以在国内使用起来,感觉不是特别流畅。

与上面介绍的工具相比,dtale似乎没有这些工具有的这些短板。

我们在notebook中通过 pip install dtale来安装dtale。安装后,重启kernel。然后执行:

import dtale

dtale.show(df)

这会显加载以下界面:

在左上角有一个小三角箭头,点击它会显示菜单:

我们可以点击describe菜单项看看,它的功能要比 df.describe()强大不少。df.describe只能给出均值、4分位数值,方差,最大最小值,dtale还能给出diff, outlier, kurtosis, skew,绘制直方图,Q-Q图(检查是否正态分布)。

注意我们可以导出进行这些计算所用的代码!这对数据分析的初学者确实很友好。

这是从中导出的绘制qq图的代码:

# DISCLAIMER: 'df' refers to the data you passed in when calling 'dtale.show'

import numpy as np
import pandas as pd
import plotly.graph_objs as go

if isinstance(df, (pd.DatetimeIndex, pd.MultiIndex)):
    df = df.to_frame(index=False)

# remove any pre-existing indices for ease of use in the D-Tale code, but this is not required
df = df.reset_index().drop('index', axis=1, errors='ignore')
df.columns = [str(c) for c in df.columns]  # update columns to strings in case they are numbers

s = df[~pd.isnull(df['peTTM'])]['peTTM']

import scipy.stats as sts
import plotly.express as px

qq_x, qq_y = sts.probplot(s, dist="norm", fit=False)
chart = px.scatter(x=qq_x, y=qq_y, trendline='ols', trendline_color_override='red')
figure = go.Figure(data=chart, layout=go.Layout({
    'legend': {'orientation': 'h'}, 'title': {'text': 'peTTM QQ Plot'}
}))
figure
# If you're having trouble viewing your chart in your notebook try passing your 'chart' into this snippet:
#
# from plotly.offline import iplot, init_notebook_mode
#
# init_notebook_mode(connected=True)
# chart.pop('id', None) # for some reason iplot does not like 'id'
# iplot(chart)

有了这个功能,如果不知道如何通过plotly来绘制某一种图,那么就可以把数据加载到dtale,用dtale绘制出来,再导出代码。作为量化人,可能最难绘制的图就是K线图了。这个功能,dtale有。

最后,实际上dtale是自带服务器的。我们并不一定要在notebook中使用它。安装dtale之后,可以在命令行下运行 dtale命令,然后再打开浏览器窗口就可以了。更详细的介绍,可以看这份中文文档。

回复 显示全部楼层 道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

QQ|Archiver|手机版|小黑屋|生信人 ( 萌ICP备20244422号 )

GMT+8, 2024-11-21 17:42 , Processed in 0.128452 second(s), 33 queries .

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表