不同物种拼接练习

生信喵

1 拟南芥
1.1 项目介绍
《High contiguity Arabidopsis thaliana genome assembly with a single nanopore flow cell》
Nature Communication
文章地址：https://www.nature.com/articles/s41467-018-03016-2/
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/149997v1

拟南芥基因组文章
要求至少要低于 62 条，N50 长度超过 12.3 Mb。
Bionano 光学图谱数据：PRJNA390205
PacBio Sequel 测序数据：PRJEB23084
Oxford Nanopore MinION 数据：PRJEB21270


1.2 安装软件以及下载数据
文章中用到的案例脚本：https://github.com/fbemm/onefc-oneasm/wiki/Assembly-Generation
#3 数据：illumina+pacbio+nanopore
PRJEB21270:
#BioNano https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA390205
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA390205

1. esearch -db sra -query PRJEB21270 | efetch -format runinfo > runinfo.csv
   
2. cat runinfo.csv | cut -d , -f 1,10,19
   
3. Run,download_path,Platform
   
4. ERR2173371,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173371/ERR2173371.lite.1,PACBIO_SMRT
   
5. ERR2173372,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR217/3372/ERR2173372.sralite.1,ILLUMINA
   
6. ERR2173373,https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173373/ERR2173373.lite.1,OXFORD_NANOPORE
   
7. 
   
8. wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173371/ERR2173371.lite.1 -O pacbio.sra
   
9. wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR217/3372/ERR2173372.sralite.1 -O illumina.sra
   
10. wget -c https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/ERR002/2173/ERR2173373/ERR2173373.lite.1 -O nano.sra
    

复制代码

1. fastq-dump nano.sra --gzip -O ./
   
2. conda activate nanoplot
   
3. #Arabidopsis thaliana参考序列下载
   
4. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/data-hub/taxonomy/3702/

复制代码

参考序列还可以去embl站点下载：https://www.ensembl.org/toplevel代表全部数据，没有做处理的，适用于rnaseq。

1.3 拼接基因组

1. echo "flye --nano-raw nanopore/ont.fq.gz --out-dir flye --genome-size 120m
   
2. --threads 12 --iterations 3 --scaffold " >flye.sh
   
3. #运行脚本
   
4. nohup sh flye.sh & #监控进程
   
5. jobs
   
6. top

复制代码