R包的4种安装方式

生信喵

第一种方式，当然是R自带的函数直接安装包了，这个是最简单的，而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。

对普通的R包，直接install.packages()即可，一般下载不了都是包的名字打错了，或者是R的版本不够，如果下载了安装不了，一般是依赖包没弄好，或者你的电脑缺少一些库文件，如果实在是找不到或者下载慢，一般就用repos=来切换一些镜像。

1. > install.packages("ape")  ##直接输入包名字即可
   
2. Installing package into ‘C:/Users/jmzeng/Documents/R/win-library/3.1’
   
3. (as ‘lib’ is unspecified)  ##一般不指定lib，除非你明确知道你的lib是在哪里
   
4. trying URL 'http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/windows/contrib/3.1/ape_3.4.zip'
   
5. Content type 'application/zip' length 1418322 bytes (1.4 Mb)
   
6. opened URL   ## 根据你选择的镜像，程序会自动拼接好下载链接url
   
7. downloaded 1.4 Mb
   
8. 
   
9. package ‘ape’ successfully unpacked and MD5 sums checked  ##表明你已经安装好包啦
   
10. 
    
11. The downloaded binary packages are in  ##程序自动下载的原始文件一般放在临时目录，会自动删除
    
12.         C:\Users\jmzeng\AppData\Local\Temp\Rtmpy0OivY\downloaded_packages

复制代码

对于bioconductor的包，我们一般是

1.     source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安装BiocInstaller
   
2. 
   
3.     #options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切换镜像
   
4.     biocLite("ggbio")
   
5. 
   
6.     或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已经安装好了BiocInstaller
   
7. 
   
8.     某些时候你还需要卸载remove.packages("BiocInstaller") 然后安装新的

复制代码

第二种方式，是直接找到包的下载地址，需要进入包的主页

1. packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
   
2. packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/gridExtra/gridExtra_0.9.1.tar.gz"
   
3. install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
   
4. #packageurl <- "http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/ggbio_1.6.6.tar.gz"
   
5. #packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz"
   
6. install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

复制代码

这样安装的就不需要选择镜像了，也跨越了安装器的版本！

第三种是，先把包下载到本地，然后安装：

1. download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")
   
2. ##也可以选择用浏览器下载这个包
   
3. install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
   
4. ## 如果你用的RStudio这样的IDE，那么直接用鼠标就可以操作了
   
5. 或者用choose.files()来手动交互的选择你把下载的源码BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪里。

复制代码

这种形式大部分安装都无法成功，因为R包之间的依赖性很强！

第四种是：命令行版本安装

1. 如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下：
   
2. sudo su - -c \
   
3. "R -e "install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')""
   
4. 如果是linux，命令行安装本地包，在shell的终端
   
5. sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
   
6. window或者mac平台一般不推荐命令行格式，可视化那么舒心，何必自讨苦吃

复制代码