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发表于 2021-10-23 13:51:10 | 查看: 1615| 回复: 0
第一种方式,当然是R自带的函数直接安装包了,这个是最简单的,而且不需要考虑各种包之间的依赖关系。

对普通的R包,直接install.packages()即可,一般下载不了都是包的名字打错了,或者是R的版本不够,如果下载了安装不了,一般是依赖包没弄好,或者你的电脑缺少一些库文件,如果实在是找不到或者下载慢,一般就用repos=来切换一些镜像。
  1. > install.packages("ape")  ##直接输入包名字即可
  2. Installing package into ‘C:/Users/jmzeng/Documents/R/win-library/3.1’
  3. (as ‘lib’ is unspecified)  ##一般不指定lib,除非你明确知道你的lib是在哪里
  4. trying URL 'http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/windows/contrib/3.1/ape_3.4.zip'
  5. Content type 'application/zip' length 1418322 bytes (1.4 Mb)
  6. opened URL   ## 根据你选择的镜像,程序会自动拼接好下载链接url
  7. downloaded 1.4 Mb

  8. package ‘ape’ successfully unpacked and MD5 sums checked  ##表明你已经安装好包啦

  9. The downloaded binary packages are in  ##程序自动下载的原始文件一般放在临时目录,会自动删除
  10.         C:\Users\jmzeng\AppData\Local\Temp\Rtmpy0OivY\downloaded_packages
复制代码
对于bioconductor的包,我们一般是
  1.     source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安装BiocInstaller

  2.     #options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切换镜像
  3.     biocLite("ggbio")

  4.     或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已经安装好了BiocInstaller

  5.     某些时候你还需要卸载remove.packages("BiocInstaller") 然后安装新的
复制代码
第二种方式,是直接找到包的下载地址,需要进入包的主页
  1. packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
  2. packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/gridExtra/gridExtra_0.9.1.tar.gz"
  3. install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
  4. #packageurl <- "http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/ggbio_1.6.6.tar.gz"
  5. #packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz"
  6. install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
复制代码
这样安装的就不需要选择镜像了,也跨越了安装器的版本!

第三种是,先把包下载到本地,然后安装:
  1. download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")
  2. ##也可以选择用浏览器下载这个包
  3. install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
  4. ## 如果你用的RStudio这样的IDE,那么直接用鼠标就可以操作了
  5. 或者用choose.files()来手动交互的选择你把下载的源码BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪里。
复制代码
这种形式大部分安装都无法成功,因为R包之间的依赖性很强!

第四种是:命令行版本安装
  1. 如果是linux版本,命令行从网上自动下载包如下:
  2. sudo su - -c \
  3. "R -e "install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')""
  4. 如果是linux,命令行安装本地包,在shell的终端
  5. sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
  6. window或者mac平台一般不推荐命令行格式,可视化那么舒心,何必自讨苦吃
复制代码



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