下载新冠分析数据库

生信喵

背景
       一些分析需要与数据库进行比对，例如 blast 比对，物种分类鉴定等，这里我们下载两个数据库，一个是 NCBI 提供的一个用于 blast 比对的新冠病毒库，另外是利用 centrifuge 软件进行宏基因组测序鉴定新冠病毒的库。
3.1 blast 比对数据库

1. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/Betacoronavirus.00.tar.gz
   
2. wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/Betacoronavirus.01.tar.gz

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      解压使用

1. tar -zxvf Betacoronavirus.00.tar.gz

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      循环解压

1. for i in *.tar.gz;do tar -zxvf $i;done;

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3.2 物种分类数据库
       该数据库包含人全基因组，病毒基因组以及 106 个新冠病毒基因组，不包含细菌基因组序列，这样比对速度更快，结果更加简单。

1. wget -O h+v+c.tar.gz https://zenodo.org/record/3732127/files/h+v+c.tar.gz?download=1
   
2. tar -zxvf h+v+c.tar.gz
   

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       这样的话，我们前面的准备工作就做好了，下载了参考序列基因组和测序数据，用了数据库，软件也安装完毕。下次拿到序列就可以比对了。