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发表于 2021-12-27 17:34:32
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本帖最后由 生信喵 于 2021-12-27 17:38 编辑
背景
在生物信息分析过程中常常会越到各种错误，包括软件错误，文件错误，系统错误等，这些错误需要处理，否则分析无法进行，或者得到错误的信息。
一、认识软件错误
1.1 为什么会出错？
生物信息在 Linux 系统下采取命令行模式运行，命令行运行需要严格的执行标准，必须遵循严格的语法限制。相差一个字符都有可能无法运行，有些情况下多出一个空格可能就会有严重的影响，造成不可挽回的损失，例如下面这条命令，
- 删除所有以 fq.gz 结尾的文件
- rm -rf *.fq.gz #正确语法
- rm -rf * .fq.gz #错误语法，通配符后多了一个空格
1.2 提示警告与报错
软件运行过程中一般会给出屏幕输出信息，屏幕输出信息并不是都是错误信息。有的是输出结果，是我们需要的内容；有时候是软件运行的提示信息，例如软件每一步都做了哪些除了，这都是正常显示；还有一些是警告信息，让你注意，最后就是错误信息 Error，这就需要特别处理了。错误信息对导致软件中断。在一些命令行终端中，错误信息会有红色颜色显示。下面分别进行介绍。
1.2.1 返回空白
运行之后没有任何返回结果，比如一个运行结束，直接返回命令行。这是正常现象。命令行操作的逻辑都是正确执行不提示，有问题才提示。
1.2.2 提示信息
一些操作需要给出一些提示信息，例如 fastqc 软件，则会返回一些提示信息，例如显示有百分之几的数据处理完了。这样就把软件运行的过程给详细展示出来，如果在哪一步出现问题，就一目了然了。这些都是注释信息，属于正常提示信息。
- nohup: ignoring input and appending output to `nohup.out'
1.2.3 警告信息 Warnings
警告信息是一种比较令人迷惑的内容，但其实警告信息是非常重要的，很多人经常将警告信息和错误信息相混淆。警告信息并不影响软件运行，但是提示需要用户特别注意。比如加载 R 包的时候，提示当前的包是基于最新 R 版本构建的，用户使用的 R 版本与构建包的版本不一致，这个只是一个警告，并不影响包的使用，大部分情况下也不会影响结果。还有就是在做统计检验过程中，会提示你的数据模型太小，虽然也会返回结果，但可能存在
误差，需要用户注意。大家需要知道的就是警告信息并不影响软件执行，但是要特别注意。
1.2.4 错误信息 Error
最后一个比较重要的就是错误信息，错误信息也是经常会遇到的，错误信息直接给出 Error提示内容，终止掉软件的执行，必须处理，否则无法得到结果。不过很多软件的报错信息其实已经非常完善了，比如经常遇到的“command not found”，“No sucn file or dirctory"，“ installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit status"等。遇到这种问题就需要根据经验分析错误，遇到多了才能知道该如何解决。或者直降将错误信息复制到搜索引擎里寻找解决方案。
1.3 错误提示关键字
错误提示会给出一些关键字，根据关键字进行判断。
语法问题：synatax
参数问题：argument
权限问题：permission
网络问题：connection
内存问题：dump
磁盘问题：disk
二、解决错误
在命令行模式下运行生物软件，主要考虑三个因素。软件，输入文件，选项参数。那么可能出错的地方也就在此，部分情况下也可能是硬件问题，比如资源不足。如果是像上面介绍过的错误，一般容易发现，比较好解决。但是软件、输入文件，选项参数都检查过了，还是提示错误，该如何解决呢?
2.1 学会分析问题
好的软件在内部都会有处理错误的机制，比如 perl 或者 python 的程序，一般会提示错误，面对错误，一定要做到，不要害怕。尝试阅读提示内容。如果发现里面有 Memory，那么就可能是和内存相关，是不是内存不够用了。如果是包含 Socket，那么可能是网络问题等；
2.2 Google 一下
你所遇到的问题，几乎别人都遇到过，所以，Google 一下，或者 bing 一下错误，看一下别人同样的问题是如何解决的，Google 几乎可以找到所有的报错内容。但是你最好要学会搜索，不要把好几页的错误内容都去 Google，要学会使用关键字，至于如何使用个关键字搜索，这个你自己 Google 一下吧。
2.3 控制单因素变量测试
如果以上方法都试了，还是找不到错误，就尝试控制单因素变量，进行测试。例如有这样的代码
- barplot(x,xlab='', ylab="genexpression",names.arg=c("Control","Cold",
- "Osmotic", "Salt", "Drought", "Genotoxic", "Oxidative", "UV-B",
- "Wounding","Heat"),col =
- c(brewer.pal(9,"Blues")[1],brewer.pal(9,"Blues")[2],brewer.pal(9,"Blues")[3],b
- rewer.pal(9,"Blues")[4],brewer.pal(9,"Blues")[5],brewer.pal(9,"Blues")[6],brew
- er.pal(9,"Blues")[7],brewer.pal(9,"Blues")[8],brewer.pal(9,"Blues")[9]),cex.ax
- is=1.5,cex.names=1.5,legend.text= c("0 Hour", "After 0.25 Hour", "After 0.5
- Hour", "After 1 Hour", "After 3 Hours", "After 4 Hours", "After 6 Hours",
- "After 12 Hours", "After 24 Hours"
- ),args.legend =list(x = "right",cex=1),beside=TRUE)
- abline(h=0)
首先
如果没有问题，在一点点加选项，直到找到出错的地方为止，就是这样。而不是全部代码中去查找。
2.4 截取部分数据测试
如果感觉数据有问题，就换另外的小数据测试一下，或者截取部分进行测试。比如人基因组很大的数据，如果运行程序出错了，可以用 head 命令每个截取一部分进行测试。
三、常见错误
下面给出一些生物软件分析过程中常见问题。
3.1 command not found
这样的错误，原因就是软件没有安装，或者是软件路径没有写正确，还有一种可能是软件名写错了，或者没有区分大小写；
解决方案：
1、检测软件是否安装正确，有可执行程序，使用全路径试一下；
2、将软件可执行程序路径添加到.bashrc 文件中的 PATH 变量中
3.2 No such file or directory
如果敲软件名，软件可以运行，或者之前软件都可以运行，那么绝大部分就是输入文件的问题。输入文件经常出现“No such file or directory”，这就是因为输入文件路径写错了，在R 语言中“Error: object 'x' not found”的错误与之类似。那么检查一下这个对象是否存在，是否有值。
解决方案:
检查文件路径是否正确，文件是否存在；
3.3 文件格式
对于输入文件，另一个比较重要的错误就是文件格式。每一款软件都需要严格的输入文件格式，比如 fastq，fasta，sam，bam，vcf 等，不能随便输入。还有就是数量的问题，软件需要输入三个文件，你就不能输入两个，也不能输入四个。
3.4 软件选项参数
如果软件和输入文件都没有错误，那么就有可能是选项参数的问题。检查选项参数是否写正确，-i 是否写成-a 了，是否忘了加空格。一般这种情况下，软件不会运行，而是给出帮助信息。
3.5 Permission denied
这个是因为没有写的权限，就会提示，“Permission denied”，有些软件默认安装到系统目录，普通用户没有权限往这些路径写内容。
3.6 软件版本问题
系统中会存在多个软件版本，例如 python2 与 python3，要知道默认软件的版本，例如在命令行敲 python 或者 perl 的时候，要清楚使用具体软件的版本。一个好的方法是使用which 命令，可以查看软件的全路径。
3.7 网络问题
有些软件运行过程中需要联网，但出现错误代码 Http，403，404，connection 等关键字的时候，需要考虑网络连接问题。
3.8 文件问题
输入文件不存在，或者大小为空，文件不完整，或者输出文件已存在等。
not a regular file；
unexpected end of file；
File exists;
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