请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

生信人

找回密码
立即注册
搜索
热搜: 活动 交友 discuz
发新帖

0

收听

12

听众

246

主题
发表于 2023-5-11 10:00:37 | 查看: 401| 回复: 0
使用ANCOM差异丰度分析
  1. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime feature-table filter-samples \
  2.   --i-table table.qza \
  3.   --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  4.   --p-where '[body-site]='"'"'gut'"'"'' \
  5.   --o-filtered-table gut-table.qza

  6. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime composition add-pseudocount \
  7.   --i-table gut-table.qza \
  8.   --o-composition-table comp-gut-table.qza
复制代码
查看两个人肠道的差异对比
  1. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime composition ancom \
  2.   --i-table comp-gut-table.qza \
  3.   --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  4.   --m-metadata-column subject \
  5.   --o-visualization ancom-subject.qzv
复制代码
找到差异后进行物种分类
  1. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime taxa collapse \
  2.   --i-table gut-table.qza \
  3.   --i-taxonomy taxonomy.qza \
  4.   --p-level 6 \
  5.   --o-collapsed-table gut-table-l6.qza

  6. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime composition add-pseudocount \
  7.   --i-table gut-table-l6.qza \
  8.   --o-composition-table comp-gut-table-l6.qza

  9. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime composition ancom \
  10.   --i-table comp-gut-table-l6.qza \
  11.   --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  12.   --m-metadata-column subject \
  13.   --o-visualization l6-ancom-subject.qzv
复制代码


收藏回复 显示全部楼层 道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

QQ|Archiver|手机版|小黑屋|生信人

GMT+8, 2024-3-28 19:15 , Processed in 0.136041 second(s), 20 queries .

Powered by Discuz! X3.5

© 2001-2024 Discuz! Team.

快速回复 返回顶部 返回列表