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发表于 2023-5-11 09:00:08 | 查看: 447| 回复: 0
物种组成分析
  1. wget \
  2.   -O "gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza" \
  3.   "https://data.qiime2.org/2023.2/common/gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza"
  4. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime feature-classifier classify-sklearn \
  5.   --i-classifier gg-13-8-99-515-806-nb-classifier.qza \
  6.   --i-reads rep-seqs.qza \
  7.   --o-classification taxonomy.qza
  8. #更换官网的注释库silva对比下结果
  9. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime feature-classifier classify-sklearn \
  10.   --i-classifier silva-138-99-515-806-nb-classifier.qza \
  11.   --i-reads rep-seqs.qza \
  12.   --o-classification taxonomy_silva.qza


  13. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime metadata tabulate \
  14.   --m-input-file taxonomy.qza \
  15.   --o-visualization taxonomy.qzv
  16. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime metadata tabulate \
  17.   --m-input-file taxonomy_silva.qza \
  18.   --o-visualization taxonomy_silva.qzv
  19. #下载到本地去view,结果相似。
复制代码
      物种分类完,画条形图

  1. docker run -t -i -v $(pwd):/data quay.io/qiime2/core:2022.2 qiime taxa barplot \
  2.   --i-table table.qza \
  3.   --i-taxonomy taxonomy.qza \
  4.   --m-metadata-file sample-metadata.tsv \
  5.   --o-visualization taxa-bar-plots.qzv
复制代码


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