探索16S序列

生信喵

一、准备数据和软件
       下载细菌全基因组序列  NC_009648.1

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_009648.1/?report=fasta

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      本地下载上传到服务器

1. mv sequence.fasta MGH78578.fasta

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      安装rnammer
       官网https://link.zhihu.com/?target=h ... dtu.dk/software.php
       用edu邮箱申请下载地址

1. tar -zxf rnammer-1.2.src.tar.gz

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      下载并安装hmmer-2.3.2

1. wget http://eddylab.org/software/hmmer/hmmer-2.3.2.tar.gz
   
2. tar -zxf hmmer-2.3.2.tar.gz
   
3. cd hmmer-2.3.2/
   
4. ./configure
   
5. make

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      更改rnnammer中两者的绝对路径

1. cd ..
   
2. vi rnammer

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      修改35行安装路径

1. /share/home/xiehs/biosoft/rnammer

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      修改50/53行安装路径

1. /share/home/xiehs/biosoft/rnammer/hmmer-2.3.2/src/hmmsearch

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      修改 core-rnammer脚本中2处cpu-1删去

1. <p>system sprintf('%s --cpu 1 --compat ...... and so on</p><p>改为system sprintf('%s --compat ...... and so on</p>

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二、预测核糖体序列
       报错：perl模块找不到，重新安装后，卸载原模块再安装

1. <p>#http://mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/找rpm</p><p>#https://zhuanlan.zhihu.com/p/352932647参考重装perl</p><p>#sudo rpm -e perl-constant-1.27-2.el7.noarch --nodeps 先卸载</p><p>#sudo rpm -ivh perl-constant-1.27-2.el7.noarch.rpm 再安装</p>

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1. #添加环境变量perl5lib
   
2. ~/biosoft/rnammer/rnammer -S bac -m tsu,lsu,ssu -gff MGH78578.gff -f MGH78578.frn MGH78578.fasta
   
3. #统计结果
   
4. seqkit stat MGH78578.frn
   
5. #查看序列ID
   
6. grep "16s_rRNA" MGH78578.frn
   
7. #生成ID列表
   
8. grep "16s_rRNA" MGH78578.frn | awk  '{print $1}' |  sed -e 's/>//'  >id.list
   
9. #提取16S序列
   
10. seqkit grep -r -f id.list MGH78578.frn >16S.fasta
    
11. 
    
12. #多序列比对
    
13. muscle -in 16S.fasta -out 16s.clw -clw

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