编写脚本

生信喵

1 什么是脚本
        脚本：Scripts 指表演戏剧、拍摄电影等所依据的底本或书稿的底本，简写为 sh。脚本可以分为交互式（Interactive）执行与批处理（batch）。在生物信息分析中，将执行的一条或多条命令保存在一个文件中，称为脚本文件，脚本文件可以记录运行的命令状态，并且便于分享，而且可以自动化运行多个命令。
脚本五要素：
        1. 软件：软件写在第一位
        2. 输入内容：可以是文件，也可以是命令行输入。
        3. 输出内容：可以屏幕输出，也可以保存到文件内。
        4. 选项参数：通过单个连字符的短选项-，或者两个连字符的长选项--
        5. 日志：记录软件运行信息及错误信息，便于排错，通过重定向保存。
2 vim 编辑脚本
2.1 打开文件
        vim 是 Linux 系统自带的文本编辑器，可以理解成为 windows 系统下的 word 软件。

1. vim scripts.sh
   
2. i a u 切换为插入模式
   
3. ESC 切换为命令模式

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       按“i”切换进入插入模式 insert mode，从光标当前位置开始输入文件；
        按“a”进入插入模式后，是从目前光标所在位置的下一个位置开始输入文字；
        按“o”进入插入模式后，是插入新的一行，从行首开始输入文字。
2.2 如何退出vim？
        按 ESC 将 vim 从插入模式或者 visual 模式切换为命令模式。首先按esc键切换到命令模式，然后按“shift+：”冒号表示可以输入命令了然后按

1. q！不保存退出
   
2. wq 保持退出或者x保存退
   
3. w+文件名 另存为一个文件

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2.3 移动光标
        vi 可以直接用键盘上的光标来上下左右移动，但正规的 vi 是用小写英文字母 h、j、k、l，分别控制光标左、下、上、右移一格。

1. 按 ctrl+b：屏幕往"后"移动一页。
   
2. 按 ctrl+f：屏幕往"前"移动一页。
   
3. 按 ctrl+u：屏幕往"后"移动半页。
   
4. 按 ctrl+d：屏幕往"前"移动半页。
   
5. 按数字 0：移到文章的开头。
   
6. 按 G：移动到文章的最后。
   
7. shfit+4：移动到光标所在行的"行尾"。
   
8. shfit+6：移动到光标所在行的"行首"
   
9. 按 w：光标跳到下个字的开头
   
10. 按 e：光标跳到下个字的字尾
    
11. 按 b：光标回到上个字的开头
    
12. 按#l：光标移到该行的第#个位置，如：5l,56l。

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2.4 删除文字

1. x：每按一次，删除光标所在位置的"后面"一个字符。
   
2. #x：例如，6x 表示删除光标所在位置的"后面"6 个字符。
   
3. X：大写的 X，每按一次，删除光标所在位置的"前面"一个字符。
   
4. #X：例如，20X 表示删除光标所在位置的"前面"20 个字符。
   
5. dd：删除光标所在行。
   
6. 2dd：从光标所在行开始删除2行，下面为差别举例

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1. 1d+键盘上箭头：删除光标所在行和上一行，共2行
   
2. 1d+键盘下箭头：删除光标所在行和下一行，共2行
   
3. 1dd：删除光标所在行，共1行

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2.5 复制

1. yw：将光标所在之处到字尾的字符复制到缓冲区中。
   
2. #yw：复制#个字到缓冲区
   
3. yy：复制光标所在行到缓冲区。
   
4. #yy：例如，6yy 表示拷贝从光标所在的该行"往下数"6 行文字。
   
5. p：将缓冲区内的字符贴到光标所在位置。注意：所有与"y"有关的复制命令都必须与"p"配合才能完成复制与粘贴功能。

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2.6 替换

1. r：替换光标所在处的字符。
   
2. R：替换光标所到之处的字符，直到按下 ESC 键为止。

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2.7 回复上一次操作

1. u：命令模式下，按 u，后退
   
2. ctrl+R：命令模式下，前进

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2.8 更改

1. cw：更改光标所在处的字到字尾处
   
2. c#w：例如，c3w 表示更改 3 个字

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2.9 跳至指定的行

1. ctrl+g 列出光标所在行的行号。
   
2. #G：例如，15G，表示移动光标至文章的第 15 行行首。

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3 执行脚本
        脚本中包含多条命令，如果想运行脚本的命令，在 CentOS 系统上使用 sh 命令，在 Ubuntu系统中使用 bash 命令，系统将按顺序依次执行脚本中的命令。脚本中也可以添加控制条件以及循环从操作，这就属于 Linux Shell 编程。

1. sh prodigal.sh
   
2. bash prodigal.sh

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4 vim 配置
        vim 配置文件在家目录下创建一个.vimrc 文件即可。

1. $ vim ~/.vimrc #以下内容选择性设置即可
   
2. filetype on #支持不同文件扩展名不同语法高亮
   
3. syntax on #语法高亮
   
4. set autoindent #自动缩进
   
5. set nu #设置行号
   
6. set tabstop=4 #Tab 缩进数目
   
7. set softtabstop=4
   
8. set expandtab
   
9. set shiftwidth=4
   
10. set ruler # 设置标尺
    
11. set backspace=indent,eol,start
    
12. set backspace=2
    
13. set expandtab #设置自动缩进
    
14. set cindent shiftwidth=4 缩进的字符个数
    
15. set foldcolumn=4 #设置折叠模式

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5 vscode 查看文本
        在做生物信息分析过程中，经常需要查看序列，编辑文本，修改程序代码等，这个过程中就需要使用文本编辑器。一般系统自带的文本编辑器都过于简单，例如 windows 的记事本等，不能打开大文件，不能识别不同换行符，不支持语法高亮等，无法达到工作要求。优秀的文本编辑器有很多，例如收费的 Utraledit，Sublime Text3，editplus 等，免费的有 notepad++，atom等，这里我们推荐使用微软推出的vscode编辑器，它的一个显著特性就是支持windows，mac 和 Linux 多个平台，使用体验都差不多。安装完在图形界面下，可以使用右键快速打开多种扩展名的文本文件。
        下载地址：https://code.visualstudio.com/        记得安装过程最后一步将图中两项勾选上。