安装生物软件和配置数据库

生信喵

       当系统环境配置完成之后就可以开始安装生物软件了。生物软件安装有多种方式，可以直接使用源代码编译，也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件，还可以使用 docker 的方法。如果是 ubuntu 系统，还可以直接使用 apt 命令安装生物软件。
1 安装生物软件
       每个用户可以自己安装软件，例如每个用户单独使用 bioconda 来管理生物软件。如果是管理员安装的软件，则所有用户都可以使用。
       由于生物软件更新较快，源代码编译或者预编译的软件更新比较麻烦，这里推荐使用biocodna 来管理软件。
1.1 安装 bioconda

1. cd /ifs1/Software
   
2. #下载安装：
   
3. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
   
4. sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  
   
5. #默认目录/root/miniconda3 修改为/ifs1/Software/miniconda3
   
6. #by running conda init? [yes|no] 写yes回车
   
7. #刷新环境
   
8. source ~/.bashrc
   
9. 
   
10. #运行以下命令，添加软件源：
    
11. conda config --add channels bioconda
    
12. conda config --add channels conda-forge
    
13. 
    
14. #4 安装mamba
    
15. conda install -y mamba

复制代码

1.2 bioconda 安装生物软件

1. #利用mamba安装软件
   
2. mamba install -y bwa
   
3. mamba install -y samtools
   
4. mamba install -y bcftools
   
5. mamba install -y blast
   
6. mamba install -y blat
   
7. mamba install -y mummer
   
8. mamba install -y mafft
   
9. mamba install -y muscle
   
10. mamba install -y lastz
    
11. mamba install -y sra-tools
    
12. mamba install -y seqkit
    
13. mamba install -y seqtk
    
14. mamba install -y bedtools
    
15. mamba install -y bedops
    
16. mamba install -y gfatools
    
17. mamba install -y circos
    
18. mamba install -y entrez-direct
    
19. mamba install -y emboss
    
20. 
    
21. #安装数据质控软件
    
22. mamba install -y fastqc multiqc
    
23. mamba install -y trimmomatic
    
24. mamba install -y fastp
    
25. mamba create -n nanoplot -y nanoplot
    
26. 
    
27. #安装基因组拼接相关工具
    
28. mamba install -y velvet
    
29. mamba install -y flye
    
30. mamba install -y miniasm
    
31. mamba install -y canu
    
32. mamba install -y megahit
    
33. mamba install -y spades
    
34. mamba install -y quast
    
35. mamba install -y racon
    
36. mamba install -y miniasm
    
37. mamba install -y nanopolish
    
38. 
    
39. #安装基因功能分析软件
    
40. mamba install -y prodigal
    
41. mamba install -y glimmer
    
42. mamba install -y augustus
    
43. mamba install -y trf

复制代码

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1.3 切换 conda 环境
       默认开通账号之后给定的管理员安装的 bioconda，用户可以使用里面大量的软件。但由于Linux 系统权限的问题，用户无法使用这个 conda 来安装软件。当自己安装 bioconda 之后，则有权限安装软件。
       首先确认默认的 bioconda 的权限，是自己安装的还是管理员安装的。
       如果想要进行切换，只需修改默认的.bashrc 配置文件即可。

1. #寻找环境中 bioconda
   
2. which conda

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      目前系统中有2个管理员安装的 bioconda，并记录下文件路径。里面 base 是基础环境，然后下面一些为虚拟环境。

1. (base) [root@mgt ~]# conda env list
   
2. # conda environments:
   
3. #
   
4. base                  *  /share/Software/miniconda3
   
5. test                     /share/Software/miniconda3/envs/test
   
6.                          /share/home/chenht/anaconda3
   
7.                          /share/home/lius/anaconda3
   
8.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/EDTA
   
9.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/MINES
   
10.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/Rscript
    
11.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/axel
    
12.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/bedtools
    
13.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/blast
    
14.                          /share/home/lius/anaconda3/envs/blat

复制代码

      利用 conda activate 激活环境中的 bioconda，直接使用其他环境中安装的软件。

1. conda activate /share/Software/miniconda3/
   
2. #查看bwa路径
   
3. (/share/Software/miniconda3) xiehs 07:44:36 ~
   
4. $ which bwa
   
5. /share/Software/miniconda3/bin/bwa
   
6. #激活test环境
   
7. (/ifshares1/Software/miniconda3) xiehs 07:45:09 ~
   
8. $ conda activate /share/Software/miniconda3/envs/test
   
9. (test) xiehs 07:45:19 ~
   
10. $ which NanoPlot
    
11. /share/Software/miniconda3/envs/test/bin/NanoPlot

复制代码

1.4 配置 PATH 变量
       可以将管理员安装生物软件目录配置到每个用户.bashrc 文件中的 PATH 变量中。

1. echo "export PATH="\$PATH:./:/ifs1/Software/bin/:\$PATH" " >>~/.bashrc
   
2. source ~/.bashrc

复制代码

      这样在任何目录下都可以直接敲命令软件命令运行软件了，以后安装完软件只需要将其可执行程序链接到/ifs1/Software/bin/目录下即可。


二、管理生物数据库
由于生物数据库文件较大，最好放到统一目录下，这样所有用户都可以读取，而无需单独下载。可以像之前说的创建一个单独的 Database 文件夹，和User平级目录，将生物数据库放到该目录下。