csvtk

生信喵

一、软件介绍
       csvtk是 seqkit 与 taxonkit 作者开发的另外一款工具，专门用来处理表格数据，虽然名字称为 csvkit，但也可以处理 tsv 格式。可以对表格文件进行多种处理，包括统计，转换，集合，编辑，排序，绘图等操作。相比于 R 与 python 这些功能强大的软件，csvtk 是一个多功能的工具箱，是表格处理的“瑞士军刀”，特别适合处理一些简单的操作。与 csvtk 类似还有一个csvkit。
       官网： http://bioinf.shenwei.me/csvtk/
       手册： http://bioinf.shenwei.me/csvtk/usage/
       中文手册：https://bioinf.shenwei.me/csvtk/chinese/
       csvkit：https://csvkit.readthedocs.io/en/latest/

二、使用案例

1. #安装软件
   
2. mamba install -y csvtk

复制代码

1. #下载案例文件
   
2. git clone https://github.com/shenwei356/csvtk.git
   
3. 
   
4. #1 显示csv文件
   
5. cat names.csv | csvtk pretty
   
6. 
   
7. #2 转为markdown
   
8. cat names.csv  | csvtk csv2md
   
9. 
   
10. #3 用列或列名来选择指定列，可改变列的顺序
    
11. cat names.csv
    
12. cat names.csv  | csvtk cut -f 3,1
    
13. cat names.csv  | csvtk cut -f last_name,id
    
14. 
    
15. #4 用通配符选择多列
    
16. cat names.csv  | csvtk cut -F -f '*name,id' | csvtk pretty
    
17. 
    
18. #5 按指定列搜索，默认精确匹配
    
19. cat names.csv | csvtk grep -f id -p 1 | csvtk pretty
    
20. 
    
21. #6 使用正则表达式匹配
    
22. cat names.csv  | csvtk grep -f id -p 1 -r | csvtk pretty
    
23. 
    
24. #7 分组计算
    
25. cat digitals2.csv | csvtk summary -i -g f1,f2 -f f4:sum,f5:sum | csvtk pretty
    
26. 
    
27. #8 合并文件
    
28. cat names.csv
    
29. cat phones.csv
    
30. csvtk join -f 'username;username' --keep-unmatched names.csv phones.csv
    
31. csvtk join -f 'username;username' --keep-unmatched names.csv phones.csv
    
32. 
    
33. #9 绘制直方图
    
34. csvtk -t plot hist grouped_data.tsv.gz -f 2 -o histogram.png
    
35. 
    
36. #10 绘制箱线图
    
37. csvtk -t plot box grouped_data.tsv.gz -g "Group" -f "GC Content" --width 3 -o boxplot.png

复制代码