bioawk

生信喵

一、软件介绍
        bioawk 是 bwa，samtools 等软件作者李恒写的另一个工具，在 awk 的基础上增加一些专门处理生物文件的使用功能。可以处理 fasta/q，bam，gff，vcf 等格式文件。

1. #安装
   
2. mamba install -y bioawk
   
3. #显示文件格式
   
4. bioawk -c help

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       软件地址：https://github.com/lh3/bioawk

二、使用案例

1. #输出fasta/q名字部分
   
2. bioawk -c fastx ' { print $name } ' demo.fastq.gz
   
3. #计算gc含量
   
4. bioawk -c fastx ' { print $name, gc($seq) } ' demo.fastq.gz
   
5. bioawk -c fastx ' { print $name, gc($seq) } ' demo.fasta
   
6. 
   
7. #输出CIGAR为deletions的列
   
8. samtools view -f 2 demo.bam | awk '$6 ~ /D/ { print $6 }' | head
   
9. samtools view -f 2 demo.bam | bioawk -c sam '$cigar ~ /D/ { print $cigar }' | head
   
10. 
    
11. #打印vcf文件中的CHROM与POS列
    
12. grep -v "^##" demo.vcf | bioawk -tc hdr '{print $_CHROM,$POS}'
    
13. 
    
14. #输出比对上的行
    
15. samtools view demo.bam | bioawk -Hc sam '!and($flag,4)' | le
    
16. 
    
17. #反向互补fasta
    
18. bioawk -c fastx '{print ">"$name;print revcomp($seq)}' demo.fasta
    
19. 
    
20. #输出vcf中特定genotypes类型
    
21. grep -v "^##" in.vcf | bioawk -tc hdr '{print $foo,$bar}'

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