文本替换 sed

生信喵

一、软件介绍
       sed 全称是 Stream EDitor，是一种流编辑器，什么是流编辑器呢。也就是相当于一个格式化的工具。当数据流过这个工具时，都被格式化成固定的格式。比如一个流水线中的一个模具，原材料是各种形状的，但是结果模具处理之后都变成同一的形状。这就是流编辑器。sed 默认一次处理一行内容。处理时，把当前处理的行存储在临时缓冲区中，称为“模式空间”（pattern space），接着用 sed 命令处理缓冲区中的内容，处理完成后，把缓冲区的内容送往屏幕。接着处理下一行，这样不断重复，直到文件末尾。原文件内容并没有改变。sed 主要用来自动编辑一个或多个文件，简化对文件的反复操作。而不需要编写转换程序来完成。
二、命令大全

1. #1 输出固定的行
   
2. cat -n demo.fasta | sed -n '1307p'
   
3. cat -n demo.fasta | sed -n '100,200p'
   
4. 
   
5. #2 替换操作
   
6. grep ">" demo.fasta | sed -e 's/gi/GI/' | head
   
7. sed -i 's/gi/GI/g' demo.fasta  
   
8. sed -i.bak 's#GI#gi#' demo.fasta #改后生成新的文件bak后缀
   
9. grep ">" demo.fasta | sed -e 's/|/#/2;s/ref/REF/' | head
   
10. 
    
11. #3 打印发生替换的行
    
12. sed -n 's/gi/GI/p' demo.fasta
    
13. 
    
14. #4 同时进行多条件替换；
    
15. sed -f sed.list demo.fasta  
    
16. 
    
17. #5 使用正则表达式替换，空格后一串字符删除掉
    
18. grep ">" demo.fasta | sed -e 's/ .*//g' | head
    
19. #使用正则表达式替换，冒号后一串字符删除掉
    
20. grep ">" demo.fasta | sed -e 's/:.*//g' | head
    
21. 
    
22. #6 行首添加内容
    
23. sed -e 's/^/time /g' test.bed
    
24. 
    
25. #7 行尾追加内容
    
26. sed -e '$a \the end of file' test.bed
    
27. #直接修改
    
28. sed -i '$a \###the end of file###' test.bed
    
29. 
    
30. #8 行寻址
    
31. sed -n '/ref/p' demo.fasta  
    
32. grep ">" demo.fasta | cat -n | sed -n '100,200 s/gi/GI/gp'
    
33. grep ">" demo.fasta | cat -n | sed -n '100,200！ s/gi/GI/gp'
    
34. 
    
35. #9 删除操作
    
36. sed -e '/>/d' demo.fasta #删除包含>的行；
    
37. 
    
38. #10 删除空白行，比较常用
    
39. sed -e '/^\s*$/d'  demo.fasta
    
40. 
    
41. #11 对应替换 A-a
    
42. sed -e 'y/ATCG/atcg/' demo.fasta
    
43. sed -e '/>/!y/ATCG/atcg/' demo.fasta  #不处理>行
    
44. 
    
45. #12 DNA序列反向互补配对，并修改大小写
    
46. sed -e '/>/!y/ATCG/tagc/' demo.fasta  
    
47. 
    
48. #13 fastq转换为fasta
    
49. zcat demo.fastq.gz | sed '0~4d' | sed '0~3d;s/^@/>/1'

复制代码