sam和bam处理案例

生信喵

samtools使用案例演示

1. mkdir 52.samtools;cd 52.samtools;
   
2. cp ../52.bwa/mgh78578.sam all.sam
   
3. 
   
4. #1 sam文件验证
   
5. samtools quickcheck *.sam  && echo 'all ok' || echo 'fail!'
   
6. 
   
7. #2 sam和bam格式转换
   
8. samtools view -O bam -o all.bam all.sam  
   
9. samtools view all.bam -o all.sam
   
10. #转换成cram格式,很少用
    
11. samtools view -O cram -o all.cram all.sam -T MGH78578.fasta
    
12. 
    
13. #3 bam排序
    
14. samtools sort -@ 4 -m 12G -O bam -o all.sorted.bam all.sam  
    
15. 
    
16. #4 排序后建立索引
    
17. samtools index all.sorted.bam  
    
18. 
    
19. #5 比对结果统计
    
20. samtools stats all.sorted.bam
    
21. 
    
22. #6 按照flag值进行统计
    
23. samtools flagstat all.sorted.bam
    
24. 
    
25. #7 按不同染色体统计
    
26. samtools idxstats all.sorted.bam
    
27. 
    
28. #8 统计目标区域覆盖度
    
29. samtools bedcov test.bed all.sorted.bam
    
30. 
    
31. #9 统计每个位点测序深度depth
    
32. samtools depth all.sorted.bam
    
33. 
    
34. #10计算覆盖比率
    
35. samtools coverage all.sorted.bam
    
36. 
    
37. #11 按照染色体拆分bam
    
38. bamtools split -in all.sorted.bam -reference
    
39. 拆成双端和单端
    
40. bamtools split -in all.sorted.bam -paired -stub un
    
41. 
    
42. #12 合并bam
    
43. samtools cat -o cat.bam all.sorted.REF_contig_1_pilon.bam all.sorted.REF_contig_2_pilon.bam all.sorted.REF_contig_3_pilon.bam all.sorted.REF_unmapped.bam
    
44. samtools merge merge.bam all.sorted.REF_contig_1_pilon.bam all.sorted.REF_contig_2_pilon.bam all.sorted.REF_contig_3_pilon.bam all.sorted.REF_unmapped.bam
    
45. #13 统计bam并绘图  
    
46. samtools stats all.sorted.bam >all.stats  
    
47. plot-bamstats -p test all.stats
    
48. 
    
49. #14 重新打乱
    
50. samtools collate all.sorted.bam -o all.shuffle.bam
    
51. 
    
52. #15 过滤数据
    
53. #将没有比对上的reads筛选出来
    
54. samtools view -f 4 all.sorted.bam
    
55. 
    
56. #16 保留比对上的reads输出出来
    
57. samtools veiw -F 4 all.sorted.bam
    
58. 
    
59. #17 输出fastq格式
    
60. samtools fastq all.sorted.bam -1 A.1.fq.gz -2 A.2.fq.gz
    
61. #输出fasta格式
    
62. samtools fasta all.sorted.bam -1 A.1.fa.gz -2 A.2.fa.gz
    
63. 
    
64. #18 文本方式查看结果tview  
    
65. samtools tview all.sorted.bam  
    
66. samtools tview all.sorted.bam ref.fna  
    
67. 
    
68. #19 bam转换为bed格式
    
69. bedtools bamtobed -i all.sorted.bam
    
70. 
    
71. #20 mpileup
    
72. samtools mpileup --reference ../data/mgh78578.fasta  all.sorted.bam

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