长读长序列比对

生信喵

一、minimap2 比对
       随着三代测序技术的发展，目前已经开发出多款适用于三代测序数据的比对软件，例如minimap2，ngmlr，blasr 等。
       Minimap2 是知名比对工具 BWA 的开发者李恒新开发的比对工具，主要功能就是将测序得到的 DNA 或者 RNA 序列快速比对到参考基因组上。bwa 主要适用于 illumina 等短序列的比对，而 Minimap2 是专门针对 PacBio 或 OXford Nanopore 测序得到的数据开发的软件。
       MiniMap2：https://github.com/lh3/minimap2
       NGMLR：https://github.com/philres/ngmlr
       last ：http://last.cbrc.jp/
       GraphMap：https://github.com/isovic/graphmap
       MarginAlign：https://github.com/benedictpaten/marginAlign
       输入文件为测序的 reads，一般为 fastq 或者 fasta 格式，参考基因组，一般为 fasta 格式。minimap2 也可以直接进行基因组之间的比对。minimap2 可以输出 paf 格式以及 sam 格式，默认为 paf 格式。不过下游变异检测工具一般支持的是 sam（bam）格式，我们需要选择输出 sam（bam）格式。
       minimap2 比对与其他短序列比对类似，也是需要经过两个步骤。首先，建立索引；第二步，比对。虽然现在软件也支持自动建立索引，整个比对可以一步完成。但是对于较大的基因组比对，最好还是建立索引，这样可以提高比对效率。

二、minimap2 比对练习

1. #minimap2建立索引
   
2. minimap2 mgh78578.fasta -d mgh78578.min
   
3. #minimap2比对
   
4. time minimap2 -ax map-ont mgh78578.min /share/home/xiehs/05.assembly/data/nanopore.sra.fastq.gz -t 12 -o mgh78578_ont.sam
   
5. 
   
6. #pacbio比对
   
7. time minimap2 -ax map-pb mgh78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/pacbio.sra.fastq.gz -t 12 -o mgh78578.pb.sam 2> minimap2.log
   
8. 
   
9. #短序列比对
   
10. minimap2 -sr mgh78578.fasta /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina.sra_1.fastq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/data/illumina.sra_2.fastq.gz -t 12 -o mgh78578.ill.sam
    
11. 
    
12. #reads直接比对，找overlap
    
13. minimap2 -x ava-ont /share/home/xiehs/05.assembly/data/nanopore.sra.fastq.gz /share/home/xiehs/05.assembly/data/nanopore.sra.fastq.gz > ovlp.paf
    
14. 
    
15. #序列比对
    
16. minimap2 -x asm5 ref.fna mgh78578.fasta -o mgh78578_ref.paf
    
17. 
    
18. #ngmlr比对,速度慢些
    
19. ngmlr -t 12 -r mgh78578.fasta -q /share/home/xiehs/05.assembly/data/nanopore.sra.fastq.gz -o ngmlr.sam -x ont
    
20. 
    
21. #paf文件可视化
    
22. https://tom-poorten.shinyapps.io/dotplotly_shiny/

复制代码