注释染色体图v2

生信喵

背景

之前推送过画染色体的注释图，原作者发布了R包，更好用了。

应用场景

差异表达基因（RNA-seq）、开放染色质（DNase/ATAC-seq）、CTCF结合位点（ChIP-seq）、突变位点（WGS）或DNA甲基化（WGBS）在染色体上的分布，或者只是画Ideogram

环境设置

#install.packages("RIdeogram")
library(RIdeogram)
Sys.setenv(LANGUAGE = "en") #显示英文报错信息
options(stringsAsFactors = FALSE) #禁止chr转成factor

输入文件

三个输入文件，其中第一个文件必需提供，第二和第三个文件非必需：

• karyotype.csv，用于画染色体轮廓。包含五列：第一列为染色体名，第二、三列为染色体的起始和终止点。如果能提供着丝粒的开始和结束位置，就给出第四列（起始）和第五列（终止），如果着丝粒位置未知，就只给前三列。0-based基因组坐标(以0-based开始、1-based结束)。
• easy_input_heatmap.csv，用来绘制染色体heatmap。包含四列，第一列染色体名，第二、三列为染色体上的位置，第四列为相应位置上的值。例如差异基因的log2foldchange、甲基化水平等。
• easy_input_mark.csv，如果想画染色体旁边的形状标记，就要提供这个文件。包含六列，第一列type，第二列形状（只支持三种形状：box正方形、triangle三角形和circle圆。如果需要标记的特征超过3种，就用第六列里的颜色区分吧，例如红色的三角形，蓝色的三角形等），第三列染色体，第四、五列染色体上的位置，第六列颜色。**注意：**同一type对应的颜色一致。

# 染色体长度、中心粒位置
karyotype <- read.csv("karyotype.csv")
karyotype

# 染色体上的heatmap
gene_density <- read.csv("easy_input_heatmap.csv")
head(gene_density)

# 染色体旁边的形状标记
Random_RNAs_500 <- read.csv("easy_input_mark.csv")
head(Random_RNAs_500)

karyotype前几行如下：

gene_density前几行如下：

Random_RNAs_500前几行如下：

开始画图

ideogram(karyotype = karyotype, 
       
         #如果没提供easy_input_heatmap.csv，就在下面两行前面加#
         overlaid = gene_density, 
         #染色体上heatmap的配色
         colorset1 = c("forestgreen", "gold", "deeppink3"), 
       
         #如果没提供easy_input_mark.csv，就在下面这行前面加#
         label = Random_RNAs_500, 
       
         #染色体宽度，默认170
         width = 200, 
       
         #图例的位置
         Lx = 160, #图例左上角跟左边的距离
         Ly = 20) #图例左上角跟顶端的距离

格式转换

运行完上面这段，当前文件夹里会生成一个“chromosome.svg”文件，是矢量图。可以用Inkscape、Illustrator等工具打开、编辑、转换成其他格式。

还可以运行下面这段把svg转成pdf或tiff、jpg、png等格式的文件

#svg2pdf或svg2tiff、svg2jpg、svg2png
svg2pdf("chromosome.svg", 
        width = 12, height = 8, #画布大小
        dpi = 300)

生信喵

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