教你画基因组环形图

生信喵

背景
       我们研究一个基因集发表sci时，多想展示这些基因在人基因组上的位置信息。这个时候一个环形图的想法就诞生了，环形图可以在一个狭小的空间内储存较多的信息，散点图、条形图、柱状图等，升级版的还可以画相关性的线。语言描述我大致做到这里，今天教大家的没有这么高级，我们从基础的学起，先画出框架来。"展示这些基因在人基因组上的位置信息"。主要是R语言来实现，下面就放出代码和图。
代码

1. rm(list = ls())  ####  魔幻操作，一键清空~
   
2. getwd()
   
3. setwd('/home/xhs/tmp/circos/')
   
4. library(RCircos)
   
5. # BiocManager::install("RCircos",ask = F,update = F)
   
6. # 绘制人染色体圈图 ------------------------------------------------------
   
7. # 导入人类染色体数据
   
8. data(UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram)
   
9. 
   
10. # 设置染色体数据
    
11. cyto.info <- UCSC.HG19.Human.CytoBandIdeogram
    
12. # 设置不显示的染色体
    
13. chr.exclude <- NULL
    
14. # 设置内部环形数
    
15. tracks.inside <- 10
    
16. # 设置外部环形数
    
17. tracks.outside <- 0
    
18. 
    
19. # 导入上面四个基本参数
    
20. RCircos.Set.Core.Components(cyto.info,
    
21.                             chr.exclude,tracks.inside, tracks.outside)
    
22. 
    
23. # 列出所有绘图参数
    
24. RCircos.List.Plot.Parameters()
    
25. 
    
26. # 绘制染色体图形，默认方法显示染色体名称。
    
27. RCircos.Set.Plot.Area()
    
28. RCircos.Chromosome.Ideogram.Plot()
    
29. #修改图形参数，基因文本大小
    
30. params1 <- RCircos.Get.Plot.Parameters()
    
31. params1$text.size <- 1
    
32. RCircos.Reset.Plot.Parameters(params1)
    
33. #绘制基因
    
34. # 添加基因名称与连线 -----------------------------------------------------
    
35. 
    
36. # 加载数据集
    
37. data(RCircos.Gene.Label.Data);
    
38. head(RCircos.Gene.Label.Data)#要画的基因数据格式，有192行
    
39. #模拟画10个基因吧
    
40. #随机取
    
41. set.seed(123)
    
42. RCircos.Gene.Label.Data <- RCircos.Gene.Label.Data[sample(1:192,10),]
    
43. RCircos.Gene.Label.Data
    
44. # 设置在内环绘制
    
45. side <- "in";
    
46. # 设置在第一内环绘制
    
47. track.num <- 1;
    
48. 
    
49. # 绘图
    
50. RCircos.Gene.Connector.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, track.num, side);
    
51. 
    
52. # 在染色体上添加基因名称
    
53. name.col <- 4;
    
54. track.num <- 2;
    
55. 
    
56. # 绘图
    
57. RCircos.Gene.Name.Plot(RCircos.Gene.Label.Data, name.col,track.num, side) #导出pdf/png
    
58. # ?RCircos.Gene.Name.Plot

复制代码

出图