为什么我的火山图不好看？

生信喵

可视化第二弹，作图专题呢，没有看到大家的索图评论，就随缘更新吧

此次带来的是带标签的火山图，众所周知我们在差异分析后会得到logFC和P值的表格，继而就是经典的火山图了。那么如何做出一张好看的火山图呢？

好看：颜色顺眼 + 重点突出。颜色众口难调，重点就是你想要聚焦的哪些基因咯，如何把他们标注在图上呢？

简单的推导过程得出公式：好看的火山图=标注基因

好的，目的明确，下面开始主线内容：

1. library(ggplot2)
   
2. library(ggthemes)#载入R包

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1. df <- read.table('all.txt',sep = '\t',header = T)#读入实例数据
   
2. df$change = ifelse(df$fdr < 0.05,ifelse(df$logFC > 0 ,'Up','Down'),'Stable')#指定分组
   
3. df$v <- -log10(df$fdr)#对fdr值做-log10转换
   

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这是示例数据格式。文末也会分享给大家联系。

1. eg <- df[order(abs(df$logFC)),]#对数据排序
   
2. for_label <- eg[88:97,]#选取要标注的top10，也可以自己指定基因的数据

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1. ggplot(data = df,aes(x = logFC,y = v)) + #读入数据，指定xy轴
   
2.   geom_point(alpha=1, size=1,aes(color=change)) + #画点
   
3.   scale_color_manual(values=c("#4DBBD5", "grey","#E64B35"))+ #设定颜色，顺序为分组首字母的排序
   
4.   geom_vline(xintercept=0,lty=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线
   
5.   geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线
   
6.   theme_few() + #ggtheme的主题之一
   
7.   labs(y="-log10(FDR)") + #设置y轴标题
   
8.   geom_point(size = 3, shape = 1, data = for_label) + #画标注点的外圈
   
9.   ggrepel::geom_label_repel(aes(label = gene),data = for_label,color="black") #画标注点的文本

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最后就是结果展示了，好看你就拿走吧，学习的同时别忘了分享此文章出去哦，这也是更新的动力来源啦！

sys尤君

点开之前：能有多好看，╭(╯^╰)╮
点开之后：跪谢大佬！代码抱走了！

生信喵

代码中需要用到的输入数据：差异的结果（我瞎编的数据啦）。获取示例数据请在公众号"生信喵实验柴"后台回复“20211111”。