利用 iTol 美化系统发育树

生信喵

背景
      iTol 的全称是 Interactive Tree Of Life，是一个在线显示和操作的进化树工具。我们将 mega生成的 newick 格式的树，上传到网站上，接下来就可以进行各种美化了，这个工具简单而且好用，操作一遍基本上就掌握了。与之类似的还有 Evolview 网站。
      iTol 网站：http://itol.embl.de/
      帮助文档：https://itol.embl.de/help.cgi
      案例数据：http://itol.embl.de/help/example_data.zip
      Evolview：https://evolgenius.info/

一、 iTol 介绍
      itol 能绘制的图形主要包括以下几种：正常进化树(矩形，上下对比，a)、三角进化树(三角形，b)、圆形进化树(非封闭圆环，c)、正常进化树(圆角分支，d)、普通无根进化树(无根树，e)以及分支无根进化树(分支，f)等六种。
      iTol 绘图类型
      
      对于图形的选择，可以参考样本及数据的实际情况，比如热图、添加比对序列、蛋白模块等的进化树必须使用 normal 形式的数据(a, b, d)，对于主要显示进化分组的差别，可以优先选择 circle 或者 unroot 格式的进化树(c, e, f)。

二、iTol 可视化系统发育树
      1、注册账户，登录 itol 网站；
      2、点击进入 My Tree,点击 Upload tree files 或者直接把树文件拖入框中，包括 Newick, Nexus, PhyloXML 和 Jplace 等格式；
      3、点击树名称进入树的编辑界面，左上角依次是放大，缩小，还原当前窗口，树的信息以及搜索。右上角是 Controls 界面
      4、Basic 界面可以设计树的形式，枝长，单击分支可编辑颜色，线条样式，序列名称，在Tree structure 中可设置外群等
      5、在 Advance 中可以显示或隐藏支持率；
      6、在 Datasets 中可以额外增加注释信息；
      7、调整之后通过 Export 输出图片。
      

三、iTol 配置文件
      itol 所有的美化上色均可以通过配置文件来完成，主要分为参数设置及数据表两种类型。通过数据表配置文件可以添加更多内容。
      数据表类型的文件主要是增加进化树上的显示数据，比如增加比对序列，热图，样本间的互作关系，蛋白模块等。
      配置文件有严格的要求，可以是制表符分隔，也可以是逗号分隔。一般第一行为 ID 信息，可以通过模仿案例文件进行修改。也可以购买付费版本的 itol 这是文件编辑工具。
      itol 注释文件编辑工具：https://itoleditor.letunic.com/
      如果确实需要美化，只能付费使用了，可以需要的时候先买一个月的。