相关性多样化方格图

生信喵

背景

用R复现原图的形式。

出自PMID: 28753429文章

应用场景

同时展示相关系数和原始数据分布。

相关系数参考资料：https://uc-r.github.io/correlations。里面提到两个展示相关性的好用的画图工具：corrplot和corrgram。corrplot的用法可参考https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&tid=620&extra=page%3D1；corrgram基于pairs，包装进了几个现成的函数，这里借鉴了其中的panel.fill函数，corrgram的更多用法举例：https://rawgit.com/kwstat/corrgram/master/vignettes/corrgram_examples.html，https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/6382_886fbab74fd5499ba455f11360f78de7.html，http://www.datavis.ca/papers/corrgram.pdf

环境设置

Sys.setenv(LANGUAGE = "en") #显示英文报错信息
options(stringsAsFactors = FALSE) #禁止chr转成factor

输入文件

easy_input.csv，将计算并展示每两列之间的相关性。每列一个特征，每行一个sample。

df <- read.csv("easy_input.csv", row.names = 1)
head(df)

开始画图

这个包的关键是写好画小图的函数，然后用pairs组合成最终的效果。

par(bg = "#fdfdfd")

# 左下角
panel.raters <- function (x, y, corr = NULL, ...) {
  if (!is.null(corr)) 
    return()
  plot.xy(xy.coords(x, y), type = "p", 
          pch = 20, #点形状
          cex = .5, #点大小
          ...)
  abline(lm(y ~ x), lwd = 2) #画拟合线
  box(col = "black", lwd = 2) #黑色粗边框
}

# 对角线
textPanel <- function (x = 0.5, y = 0.5, txt, cex, font) {
  text(x, y, txt, cex = cex, font = font)
  box(col = "black", lwd = 2)
}

# 右上角
panel.fill.cor <- function (x, y, corr = NULL, ...) 
{
    # 计算相关系数
    corr <- round(cor(x, y, use = "pairwise", method = "pearson"),2) # 可以换成"kendall"或 "spearman"
  
    # 自定义背景颜色
    ncol <- 14
    col.regions <- colorRampPalette(c('darkslateblue', 'navy', 'white', 'firebrick3', 'red'))
    pal <- col.regions(ncol)
    col.ind <- as.numeric(cut(corr, breaks = seq(from = -1, to = 1, length.out = ncol + 1), include.lowest = TRUE))
  
    # 画背景
    par(new=TRUE)
    plot(0, type='n', xlim=c(-1,1), ylim=c(-1,1), axes=FALSE, asp=1)
    usr <- par("usr")
    rect(usr[1], usr[3], usr[2], usr[4], col = pal[col.ind], 
        border = NA)
  
    # 写相关系数
    text(0, 0, labels = corr, cex = 2.5, col = ifelse(corr > 0, "black", "white"))
    box(col = "black") #黑色窄边框
}

# 画图并保存到pdf文件
pdf("corrgram.pdf",8,8)
pairs(df[1:5], 
      gap = .5, #小图之间的空隙
      text.panel = textPanel, #对角线
      lower.panel = panel.raters, #左下角
      upper.panel = panel.fill.cor) #右上角

dev.off()

生信喵

文中所用数据可以关注公众号“生信喵实验柴”

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