Seurat报错 Error in fixupDN.if.valid(value, x@Dim) :

galaxy

[i=s] 本帖最后由 galaxy 于 2025-3-5 22:06 编辑 [/i]

Seurat报错 Error in fixupDN.if.valid(value, x@Dim) :length of Dimnames[[1]] (54575) is not equal to Dim[1] (54574)

在我们读取公共数据库的10X文件时，可能会出现以下报错：（图一）

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(图一)

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原因：

可见features.tsv有54575行，比矩阵的基因多了一个，这大概率是上传者给feature文件添加了表头，我们打开看看（图二），果然，不仅多了1行表头，还多了后面5列10X官网示例文件中没有的注释信息（10X官网的文件只有前两列且没有表头）

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（图二）

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解决方法：

删掉多余的行和列，变成10X官网格式，再压缩成GZ格式,此时文件名应为“features.tsv.gz”

注意

1：文件名不对也不行哦。

2：除了前两列，后面的列也需要删除，否则读进去的文件会是一个list，不是一个矩阵，在后续创建seurat对象时会报错

生信喵

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