虚拟环境

生信喵

背景
      虽然目前使用 bioconda 可以非常方便的管理很多软件，但是由于生物软件的类型实在太多了。完全没有统一的开发平台，因此，即使利用 bioconda 还是会出现一些问题，比如需要使用的软件是基于 python2.7 版本，而安装之后的 python 版本为 3.7。必须切换到 python 2.7才能使用，这个时候就可以使用 bioconda 创建的虚拟环境。

一、虚拟环境
      conda 可以创建一个隔离的软件运行环境，利用 conda env list 可以查看虚拟环境，默认安装的为 base 环境。通过 create 可以创建虚拟环境。

1. 查看虚拟环境，*号表示当前环境
   
2. conda env list
   
3. conda environments:
   
4. base * /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3
   
5. nano /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/nano
   
6. nanoplot /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/nanoplot
   
7. py2 /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/py2
   
8. test /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/test
   

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     虚拟环境的一个好处是可以创建一个独立环境，在环境中可以安装指定版本软件，可以用于使用特定版本软件重复文献内容，例如安装 blast 2.7.1，samtools 1.7

1. 查看虚拟环境
   
2. conda env list

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二、利用虚拟环境安装软件
2.1 安装指定版本软件

1. 创建虚拟环境
   
2. mamba create -n test
   
3. 激活虚拟环境
   
4. mamba activate test
   
5. 安装软件
   
6. mamba install -c bioconda blast=2.7.1 samtools=1.7
   
7. 退出虚拟环境
   
8. conda deactivate

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2.2 创建 python2.7 环境
      我们最开始安装的是 minicodna3 的版本，一次默认就是 pyhton3 的版本。但是有很多软件依然需要使用 python2 的版本，因此需要创建一个 pyhton2 的环境。

1. 创建 python 2.7 环境
   
2. conda create -n py27 python=2.7 -y
   
3. 查看现有虚拟环境
   
4. conda env list
   
5. 激活 python2.7 环境
   
6. conda activate py27
   
7. 查看 python 版本
   
8. python -V
   

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     在 python2 中安装软件

1. mamba install -y blast=2.7.1
   
2. mamba install -y metaphlan2
   
3. mamba install -y humann2
   
4. mamba install -y graphlan
   
5. mamba install -y export2graphlan
   
6. mamba install -y manta
   
7. mamba install -y strelka
   
8. mamba install -y lumpy-sv

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2.3 使用虚拟环境安装软件

1. nanoplot
   
2. conda create -n nanoplot -y nanoplot
   
3. medaka
   
4. medaka 网址：https://github.com/nanoporetech/medaka
   
5. conda create -y -n medaka -c conda-forge -c bioconda medaka
   
6. artic network
   
7. git clone https://github.com/artic-network/artic-ncov2019.git
   
8. cd artic-ncov2019/
   
9. conda env create -f environment.yml
   
10. pangolin
    
11. git clone https://github.com/cov-lineages/pangolin.git
    
12. cd pangolin
    
13. conda env create -f environment.yml
    
14. conda activate pangolin
    
15. pip install .
    
16. prokka
    
17. conda create -n prokka -y
    
18. conda activate prokka
    
19. conda install -y prokka
    

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2.4 普通用户使用虚拟环境
      如果没有将管理员的虚拟环境添加到配置文件，也可以使用这些软件，参考下面的方法。

1. source /ifs1/Software/miniconda3/bin/activate nanoplot

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2.5 不激活虚拟环境使用
      目前 bioconda 提供了一个 conda run 的模式，类似与 docker run，可以不激活虚拟环境直接运行程序，不过该功能目前还处于实验阶段，并不完善。

1. 直接运行 py2 中的 python
   
2. conda run -n py python --version

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2.6 删除虚拟环境
      conda 的虚拟环境可以通过 conda env 进行管理，除了创建，还可以进行升级，导出以及删除环境等。

1. create ：创建虚拟环境
   
2. export ：导出虚拟环境
   
3. list ：列出虚拟环境
   
4. remove ：移除虚拟环境
   
5. update ：升级虚拟环境
   
6. config ：配置虚拟环境

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