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生信喵

       案例数据：采用了 4 种呼吸道平滑肌肉细胞（airway smooth muscle cells），每种细胞均有 地塞米松治疗、非治疗两类。
       4 个人体气道平滑肌细胞系，使用药物地塞米松 dexamethasone，进行比较，
       样品名：N61311，N052611，N080611，N061011
       分组：dex：untrt，trt
项目介绍：

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA229998

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GEO 数据库：

1. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778

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案例流程文献名：
       RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
链接地址：

1. http://master.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/rnaseqGene/inst/doc/rnaseqGene.html

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      选择未处理组和地塞米松处理组样本，写进a.list文件，内容如下：

1. SRR1039508
   
2. SRR1039509
   
3. SRR1039512
   
4. SRR1039513
   
5. SRR1039516
   
6. SRR1039517
   
7. SRR1039520
   
8. SRR1039521

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1. #下载数据
   
2. cat a.list | while read i;do wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/${i}/${i} -O ${i}.sra;done;
   
3. #转换fastq
   
4. ls -1 *.sra | while read i;do fasterq-dump ${i};done;
   
5. #压缩fastq
   
6. pigz -p 32 *.fastq
   
7. rm -f *.sra

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