利用garnett鉴定细胞

生信喵

背景
       网站：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/
       文档：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/docs/
      
一、软件安装

1. library(devtools)
   
2. 
   
3. install.packages("devtools")
   
4. devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett") #缺依赖直接conda安装了

复制代码

二、下载数据库
       https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/classifiers/

      
       garnett marker gene 列表

三、利用 marker 基因进行细胞鉴定

1. #利用marker基因进行细胞鉴定
   
2. library(garnett)
   
3. 
   
4. #读入10x 数据，转换为cds类
   
5. pbmc_cds <- load_cellranger_data("run_count_1kpbmcs/")
   
6. #marker基因文件
   
7. marker_file_path <- "./monocle3/hsPBMC_markers.txt"
   
8. 
   
9. #利用marker基因进行细胞鉴定
   
10. library(org.Hs.eg.db)
    
11. marker_check <- check_markers(pbmc_cds, marker_file_path,
    
12.                               db=org.Hs.eg.db,
    
13.                               cds_gene_id_type = "ENSEMBL",
    
14.                               marker_file_gene_id_type = "SYMBOL")
    
15. #绘图检查
    
16. plot_markers(marker_check)

复制代码