单细胞分析环境搭建

生信喵

一、安装软件
1.1 Cell Ranger 下载安装（需注册）
      Cell Ranger 是 10X genomics 官网提供的单细胞数据分析软件。可以直接输入 Illumina 原始数据 BCL 或 FASTQ 格式，Cell Ranger 集成了 10 x genomics 单细胞数据分析的一整套流程模块，可以直接进行碱基识别，文库拆分、细胞拆分、输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类以及可视化，配合另一套 Loupe Browser 软件，可以非常简单的探索单细胞数据。Cell Ranger 需要从 10 x genomics 官方网站进行下载，下载时需要注册，然后生成专属地址下载。
      下载网址：https://support.10xgenomics.com/ ... re/downloads/latest

1.2 Loupe Browser 下载（需注册）
      Loupe Browser 是 10x Genomics 官网提供的单细胞数据可视化软件，输入文件为 Cell Ranger分析之后生成的.cLoupe 文件即可直接使用。

1.3 bcl2fastq
      下载地址：https://support.illumina.com.cn/ ... ware/downloads.html
      2.20的rpm比较难下载到，illumina官网下载总跳转到不知名链接，我将下载好的zip传到百度网盘了。
      获取示例数据请在公众号"生信喵实验柴"后台回复“20220719”。
      

1. unzip bcl2fastq2-v2-20-0-linux-x86-64.zip # 上面下载到的
   
2. yum install -y bcl2fastq2-v2.20.0.422-Linux-x86_64.rpm

复制代码

1. $ bcl2fastq -v
   
2. BCL to FASTQ file converter
   
3. bcl2fastq v2.20.0.422
   
4. Copyright (c) 2007-2017 Illumina, Inc.

复制代码

1.4 其他软件

1. #创建虚拟环境
   
2. conda create -n singlecell -y
   
3. conda activate singlecell
   
4. mamba install -y fastqc
   
5. mamba install -u multiqc
   
6. mamba install -y fastp
   
7. mamba install -y star
   
8. mamba install -y bioconductor-singler
   
9. mamba install -y samtools
   
10. mamba install -y featurecounts
    
11. mamba install -y r-seurat
    
12. mamba create -n umi_tools -y umi_tools

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二、下载参考序列
10x genomics 官网提供了人和小鼠的参考基因组可以直接用于 cellranger 分析，从官网可以直接进行下载。并且软件提供了多个基因组版本可供选择。
链接地址：
https://support.10xgenomics.com/ ... /release-notes/buil
d#grch38_#%7Bfiles.refdata_GRCh38.version%7D

基因组下载，版本 References - 2020-A (July 7, 2020)

1. #人基因组
   
2. wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
   
3. 
   
4. #小鼠基因组
   
5. wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz
   
6. 
   
7. #人和小鼠混合
   
8. wget https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-and-mm10-2020-A.tar.gz

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