ubuntu 系统配置

生信喵

一、ubuntu 系统介绍
       Ubuntu 和 CentOS 都是非常优秀的 Linux 操作系统版本，都足够能完成我们工作和学习的需要，二者选择一个用来学习即可，如果时间足够，两个都了解一下也没问题。下面我们就分别来介绍一下这两个 Linux 世界最著名的 Linux 发行版本。
       首先来看 Ubuntu，Ubuntu 中文叫做乌班图，是一个以桌面应用为主的 Linux 操作系统，其名称来自非洲南部祖鲁语或豪萨语的“ubuntu”一词，意思是“人性”、“我的存在是因为大家的存在”，是非洲传统的一种价值观，类似华人社会的“仁爱”思想。Ubuntu 的口号是“ Linux for Human Beings”，给人类使用的 Linux。这句话好像在说以前的 Linux 系统不是给正常人类使用的，这句话也没说错，因为之前的 linux 确实不是适合普通消费者使用的。是计算机极客们的最爱。Ubuntu 尝试将 linux 系统简化，适合普通用户使用。Ubuntu 基于 Debian 发行版和 GNOME 桌面环境，支持 x86、amd64 和 ppc 架构，而从 11.04 版起，Ubuntu 发行版放弃了 Gnome 桌面环境，改为 Unity 桌面，这就是 Ubutnu 的 Unity 界面。与 Debian 系统的不同点在于 Ubuntu 每 6 个月会发布一个新版本。Ubuntu 的目标在于为一般用户提供一个最新的、同时又相当稳定的主要由自由软件构建而成的操作系统。Ubuntu 具有庞大的社区力量，用户可以方便地从社区获得帮助。

二、apt 工具
       ubuntu 系统可以采用 apt 工具进行系统配置，apt 是 Advanced Packaging Tool 的简称，是一个在 Debian 和 Ubuntu 中的 Shell 前端软件包管理器。类似于 centos 系统中的 yum 和dnf 命令。apt 命令提供了查找、安装、升级、删除某一个、一组甚至全部软件包的命令，而且命令简洁而又好记。并且 ubuntu 的软件源中自带很多生物软件。apt 还有图形化的synaptic 软件管理工具。apt 命令执行需要超级管理员 root 权限。

apt 命令	命令的功能
apt install	安装软件包
apt remove	移除软件包
apt purge	移除软件包及配置文件
apt update	刷新存储库索引
apt upgrade	升级所有可升级的软件包
apt autoremove	自动删除不需要的包
apt full-upgrade	在升级软件包时自动处理依赖关系
apt search	搜索应用程序
apt show	显示安装细节
apt list	列出包含条件的包（已安装，可升级等）
apt edit-sources	编辑源列表

三、利用 apt 工具配置环境

1. apt install -y bwa
   
2. apt install -y samtools
   
3. apt install -y bcftools
   
4. apt install -y blast2
   
5. apt install -y bedtools
   
6. apt install -y seqtk
   
7. apt install -y minimap2
   
8. apt install -y bowtie2
   
9. apt install -y phylip
   
10. apt install -y clustalx
    
11. apt install -y canu
    
12. apt install -y kraken2
    
13. apt install -y hisat2
    
14. apt install -y stringtie
    
15. apt install -y jellyfish
    
16. apt install -y circos
    
17. apt install -y nanopolish
    
18. apt install -y nanook
    
19. apt install -y centrifuge
    
20. apt install -y rna-star
    
21. apt install -y freebayes
    
22. apt install -y cnvkit
    
23. apt install -y spades
    
24. apt install -y mothur
    
25. apt install -y muscle
    
26. apt install -y mafft
    
27. apt install -y iqtree
    
28. apt install -y sniffles
    
29. apt install -y last-align
    
30. apt install -y augustus
    
31. apt install -y bamtools
    
32. apt install -y bedops
    
33. apt install -y delly

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1. cat /etc/apt/sources.list
   
2. 查看apt源

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1. #与centos（useradd）不同的是添加用户是adduser
   
2. adduser --home /ifs1/User/test1 --shell /bin/bash test1

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