参考序列的影响

生信喵

一、选择不同参考序列的影响？
       变异检测需要选择参考序列，不同的参考序列结果完全不同。目前人基因组分析都是采用一条参考序列，也就是人类基因组计划公布的版本，但该序列有多个版本，例如 hg19 和 hg38。
       虽然后续发布了很多更加完善的人基因组序列，但目前依然没有更换，主要原因是之前很多研究的结果都是基于 hg19 来做的，使用新的参考序列之后，变异位点坐标都变化了。虽然
       2013 年发表的 hg38 序列更完善，但目前依然有很多分析还在使用 hg19 的版本。另外与 RNAseq 分析处理组与对照组比对不同，人基因组变异检测所有样本均与参考序列进行比对，而并不是样品与样品之间进行比对。这个影响不大，这是因为人基因组变异检测并不是关注人基因组与参考序列之间的差别，而是通过参考序列定位出样品的基因型，例如等位位点是杂合还是纯合，然后比较不同样品之间的差别。

二、DNA 还是 RNA 变异检测？
       人基因组变异检测可以使用 DNA 全基因组测序，DNA 外显子测序，DNA 目标区域测序，也可以使用 RNAseq 数据，不过 RNAseq 只测序有基因表达的编码区域，且存在可变剪切，比对时需要使用“splice”的方法，测序区域受限制。但是既然测序了 RNAseq，可以使用RNAseq 数据同时进行变异检测。
      
       利用 RNAseq 进行变异检测

三、人基因组研究的隐私与伦理问题
3.1人类基因组研究的伦理原则
       1、知情同意原则
       2、反对基因歧视原则
       3、加强法律保护原则
       4、开展国际合作原则

3.2人类基因研究和应用中的伦理问题
       1、基因功能伦理：基因不是人的全部，人除受先天遗传因素外，还与社会环境长期作用密不可分，所以要坚决反对基因决定论;
       2、基因测试伦理：基因测试又叫基因诊断，是指运用分子生物学方法，确定个体的基因型，从而对一些遗传疾病进行诊断和考前指导。虽然基因测试促进现代医学的发展，但是在此过程中，一定要特别注意基因歧视，严格遵守伦理规范;
       3、基因治疗伦理：指在基因水平上进行疾病治疗，它存在的问题主要反映在两大方面：安全性与有效性、维护人类尊严。
       4、基因专利伦理：人类基因是一种有限资源，商业价值极高，要注意保护本土资源。