目录结构

生信喵

背景
       由于在命令行界面无法显示具体文件夹图标，因此所有的目录都是采用文本模式显示，学习Linux 最难的地方在于熟悉 Linux 系统的目录结构，目录结构是整个 Linux 操作的核心，几乎每一次操作都涉及到目录结构，因此，必须熟悉 Linux 的目录结构。否则经常会遇到“command not found”或者“no such file or directory”的问题。

1 系统目录结构介绍
       首先了解windows系统的结构，磁盘（计算机）----盘符CDEF----文件夹。许多同学买了新电脑，第一件事就是分盘，其实没有必要，这样你后面复制粘贴他就需要跨磁盘会变盘。
       Linux 目录结构是 Linux 初学者最难的地方，也是最容易出错的地方，很多时候操作不正确都是因为目录结构的问题。由于使用图形化的 windows 或者 macos 系统，用户很多时候无需关注真实的数据路径，但是在 Linux 命令行模式下，每一次操作都需要用到数据路径。windows 目录结构与 Linux 目录结构主要差别在两点：第一，Linux 系统不存在盘符，所有数据路径都是有“/”开始，所有数据都在这个下面；第二：Linux 系统采用正斜线分割目录，windows 采用反斜线分割目录。

1. windows 系统目录结构：“C:\Users\phil\Desktop”
   
2. Linux 系统目录结构：“/home/phil/”

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      ~:linux系统的初始目录，类似于windows的桌面

2 目录切换
       目录切换是 Linux 操作中最频繁的操作。目录切换可以使用 cd 命令，cd 的全称为 change directory，后面接要切换到的目录即可。cd 之后同时配合 ls 操作。
       命令：pwd print working directory

1. $ pwd #显示当前目录名
   
2. /share/home/phil

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1. pwd
   
2. ls显示目录下的文件

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      命令：cd cd：Change directory
       修改工作目录，cd 和 ls 应该是使用最多的两个命令，尤其是对于 Linux 目录结构不熟的用户。

1. cd / 切换到根目录
   
2. cd ~ 切换到用户个人目录
   
3. cd ~;ls 切换到用户个人目录并显示目录下文件
   
4. cd - 切换到上次使用目录
   
5. cd . 使用相对路径
   
6. cd .. 使用相对路径，回到上层
   
7. ls / 查看根目录信息

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      命令：ls ls：List files
       -a 列出包括.a 开头的隐藏文件的所有文件
       -A 通-a，但不列出"."和".."
       -l 列出文件的详细信息
       -c 根据 ctime 排序显示
       -t 根据文件修改时间排序
       ---color[=WHEN] 用色彩辨别文件类型 WHEN 可以是'never'、'always'或'auto'其中之一

3 绝对目录与相对目录
       在 Linux 系统中，绝对路径是由根目录 / 开始写起。绝对路径包含了文件或者目录全部层级关系。和绝对路径不同，相对路径不是从根目录 / 开始写起，而是从当前所在的工作目录开始写起。使用相对路径表明某文件的存储位置时，在相对目录中，经常要使用到两个特殊的符号：当前目录（用 . 表示）和上级父目录（用 .. 表示）。
       绝对目录的好处是比较安全，在任何情况下都可以直接访问，当目录层级较多时，过于冗余。
       相对目录的好处是比较简洁。但是当当前目录切换时，相对目录可能失效。在写脚本中，最好写绝对目录，更加安全。
3.1 文件表示方法

1. /share/MetaDatabase/genome/human.fa #绝对目录
   
2. ../../MetaDatabase/genome/human.fa#相对目录

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3.2 检查文件是否存在
       使用 ll 命令列出文件

1. ll /share/MetaDatabase/genome/human.fa#绝对目录
   
2. ll ../../MetaDatabase/genome/human.fa#相对目录

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     在写目录、切换目录的过程中，向上面得MetaD...类的长目录，我们很容易敲错，然后找不到，这时候就要学习新的快捷键了
      Tab：Tab 键补齐，除了目录一样可以补齐软件、文件等
      好了，今天的内容就到这里，你学会了cd和ls（ll详细信息）两个命令，linux系统里所有目录文件你都可以试着去访问了。熟悉linux就从这里开始了！