背景
R 语言的一大优势就是有各种各样的扩展包,所谓 R 扩展包,就是将数据处理的算法通过 R函数来实现,在加上测试数据,说明文档整合在一起,就是 R 的扩展包。在使用 R 的过程中,肯定需要使用到 R 的包,因此,需要掌握 R 包的管理,包括包的查找,安装,加载,升级,取消加载,删除,查看帮助文档等等操作。
1.3bioconductor 项目
Bioconductor 是建立在 R 语言环境上的,用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集,由一系列 R 扩展包组成。很多生物数据都是使用 bioconductor 包来分析的。
Bioconductor 官网:http://www.bioconductor.org/
二、R 包的管理
由于不用 R 包之间存在相互依赖的关系,因此,强烈推荐采用在线安装的方式,这样软件可以自动解决依赖关系问题,节约大量时间。R 默认的服务器在国外,为了加快下载速度,需要将 R 镜像站点修改为国内镜像站点。 2.1 R 包默认安装到以下目录
R 包的默认安装路径与登录账号是否为管理员有关,如果登录的为管理员账号,则默认安装到 R 安装目录下。如果登录的为普通账户,则在每个账号下的我的文档中。
三、利用 bioconda 管理 R
bioconda 中包含了大量 R 包,可以通过 bioconda 管理 R 包。相比于 R 内置的函数,bioconda提供了更加方便的环境管理,安装R包更加方便。如果使用bioconda版本的R,使用bioconda安装 R 包更加方便。
在使用 bioconda 管理 R 包之前,首先需要知道 R 包在 bioconda 中名字为名字为 r-base,一些 Bioconductor 包的名字为 bioconductor-前缀。这样就可以使用 conda 命令安装和管理R 包了。bioconda 安装的 R 包,安装路径在下面目录下。
miniconda3/lib/R/library"
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conda 几乎可以安装大量的 R 包,这里推荐使用 bioconda 管理 R 包。
#搜索 deseq2 包
$ conda search deseq2
Loading channels: done
No match found for: deseq2. Search: *deseq2*
# Name Version Build Channel
bioconductor-deseq2 1.8.2 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_0 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.0 r3.2.2_1 bioconda
bioconductor-deseq2 1.10.1 r3.2.2_0 bioconda
#安装 deseq2 包
$ conda install -y bioconductor-deseq2
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四、查看帮助文档
学习 R 语言需要经常查看帮助文档,包括 R 包的帮助文档,查看帮助文档可以快速了解一些函数的用法。不过由于开发者不同,因此帮助文档的水平也参差不齐。查看帮助文档,可以使用 help()函数,一般的 R 函数都会自带案例代码,可以直接使用 example()函数运行这些代码。此外,一些 R 包还提供一种 vignette 格式的文档。
#打开帮助页
help()
#查看函数帮助
?ggplot2
#查看扩展包里函数
??heatmap
#查看包帮助文档
help(package="ggplot2" )
#运行函数案例代码
example("heatmap")
#查看 vignettes 格式文档
browseVignettes()
#R 网站搜索
RSiteSearch("heatmap")
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五、安装常用 R 包
install.packages("vcd")
install.packages("plotrix")
install.packages("vioplot")
install.packages("venn")
install.packages("RColorBrewer")
install.packages("ggplot2")
install.packages("ggExtra")
install.packages("gcookbook")
install.packages(c("carData","gridExtra"))
install.packages("ggsci")
install.packages("ggpubr")
install.packages("ggthemes")
install.packages(c("Rwordseg","wordcloud2"))
install.packages("pheatmap")
install.packages("qqman")
install.packages("maps")
install.packages("factoextra")
install.packages("circlize")
install.packages(c("FactoMineR", "ggfortify"))
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六、R 包迁移 6.1 直接拷贝 R 包
R 包一般都是一个完整文件,只需要将 R 包整个文件夹迁移走,一般就可以运行。对 R 包进行迁移时,尽量保证 R 版本一致。直接将整个 R 包目录拷贝到新的目录下即可。首先找到 R包的安装目录,然后将整个目录打包,拷贝到另外一个目录解压缩。