Linux Shell 脚本

生信喵

一、变量
1.1 什么是变量？
       变量是计算机编程中非常重要的一个概念。变量就是可以变化的量，与常量相反，例如一个固定的数字，字符属于常量。变量是计算机语言中能储存计算结果或能表示值的抽象概念。
       定义一个变量，其实就是一种使用方便的占位符，用于引用计算机内存地址，该地址可以存储运行时可更改的程序信息。
       变量需要赋值，这个值可以是一个数字，字符，也可以是更多内容。变量在程序运行过程中可以不停变化。一些程序语言在定义变量的时候需要声明变量类型，一些可以直接定义变量。
       在 Shell 语言中，可以直接定义变量。不过需要注意，在定义变量的过程中需要遵守一定的规则。这与绝大部分的编程语言类似。
       1、可以用字母、下划线、数字组成；
       2、变量名只能由字母或下划线开头，不能以数字开头；
       3、变量名不能具有二义性；
       4、不要与系统内置关键字重名;
       5、shell 中一般变量使用大写；
       6、赋值时等号两侧不能有空白“a=2”；

1. (base) xiehs 16:23:17 ~/08.shell
   
2. $ a=1
   
3. (base) xiehs 16:23:19 ~/08.shell
   
4. $ b=2

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1.2 shell 变量的引用
       在 shell 中，直接使用“$”符，即可引用变量的值；一般配合 echo 命令可以打印变量的值；

1. (base) xiehs 16:23:21 ~/08.shell
   
2. $ echo $a $b
   
3. 1 2
   
4. (base) xiehs 16:23:57 ~/08.shell
   
5. $ echo $a
   
6. 1
   
7. (base) xiehs 16:23:59 ~/08.shell
   
8. $ echo $b
   
9. 2

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      如果变量名之后接有其他字符，可以使用”{}”进行区分。例如下面的案例。

1. (base) xiehs 16:24:01 ~/08.shell
   
2. $ a=illumina
   
3. (base) xiehs 16:24:23 ~/08.shell
   
4. $ echo ${a}_1.fq.gz ${a}_2.fq.gz
   
5. illumina_1.fq.gz illumina_2.fq.gz

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1.3 内置变量
       https://www.jb51.net/article/150606.htm
环境变量
       使用 env 或者 set 可以查看系统内置变量，例如 PATH 变量。可以使用 echo 命令直接查看。
       通过 export 命令加入环境中。如果想永久修改，需要添加到家目录中的“.bashrc”文件中。

1. (base) xiehs 16:25:02 ~/08.shell
   
2. $ echo $PS1
   
3. (base) \[\e[31;1m\]\u\[\e[0m\] \[\e[32;1m\]\t \[\e[0m\]\[\e[34;1m\]\w\[\e[0m\]\n\[\e[31;1m\]$ \[\e[0m\]
   
4. (base) xiehs 16:26:55 ~/08.shell
   
5. $ echo $LANG
   
6. en_US.UTF-8
   
7. (base) xiehs 16:27:04 ~/08.shell
   
8. $ echo $HISTSIZE
   
9. 1000
   

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二、循环
2.1 for 循环

1. #连续数字
   
2. echo {1..10}
   
3. 
   
4. #用户控制循环次数
   
5. for i in {1..10};do echo $i;done;
   
6. 
   
7. #连续字符串
   
8. echo {a..k}
   
9. for i in {a..k};do echo "$i";done;
   
10. 
    
11. #进度条
    
12. for i in {1..100};do  printf "\rComplete: %d%%" $i;sleep 0.1;done;
    
13. 
    
14. #批量生成文件
    
15. for i in {A..J};do echo touch sample${i}_1.fq.gz sample${i}_2.fq.gz;done;
    
16. for i in {A..J};do touch sample${i}_1.fq.gz sample${i}_2.fq.gz;done;
    
17. 
    
18. #批量操作
    
19. ls -1 *.fq.gz
    
20. for i in *.fq.gz ;do echo "fastqc -f fastq "${i};done;

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2.2 while 循环

1. ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2
   
2. ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2 | while read {i,j};do echo $i,$j;done;
   
3. 
   
4. # 生成脚本
   
5. ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2 | while read {i,j};do echo "spades.py -1 $i -2 $j -o spades";done;
   
6. # 生成更加完美的脚本
   
7. ls -1 *.fq.gz | xargs -n 2 | while read {i,j};do echo "spades.py -1 $i -2 $j -o ${i%_*}";done;
   
8. 
   
9. #生成数据列表
   
10. ls *.fq.gz | xargs  -I{} echo "$PWD/{}" | xargs -n 2 | awk -F "/" '{print $6,$0}' | sed -e 's/_1.fq.gz//1'
    
11. ls *.fq.gz | xargs  -I{} echo "$PWD/{}" | xargs -n 2 | awk -F "/" '{print $6,$0}' | sed -e 's/_1.fq.gz//1' >reads.list
    
12. 
    
13. #生成脚本
    
14. cat reads.list | while read {i,j,k};do echo $i,$j,$k;done;
    
15. #校验md5
    
16. for i in *.md5;do md5sum -c ${i};done;
    
17. ls -1 *.md5 | while read i;do md5sum -c ${i};done;

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三、判断

1. if [ -f $PWD/reads.list ];then echo "file exist!";else echo "no such file or dirctory";fi;
   
2. 
   
3. #1 一个简单脚本
   
4. #/bin/bash
   
5. 
   
6. a=$1
   
7. b=$2
   
8. if [ $a == $b ]
   
9. then
   
10.     echo "a = b"
    
11. elif [ $a -gt $b ]
    
12. then
    
13.     echo "a > b"
    
14. elif [ $a -lt $b ]
    
15. then
    
16.     echo "a < b"
    
17. else
    
18.     echo "no condition"
    
19. fi

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