<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<rss version="2.0">
  <channel>
    <title>bioinfoer - R语言</title>
    <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=forumdisplay&amp;fid=63</link>
    <description>Latest 20 threads of R语言</description>
    <copyright>Copyright(C) bioinfoer</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Wed, 13 May 2026 11:38:59 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
    <image>
      <url>https://bioinfoer.com/static/image/common/logo_88_31.gif</url>
      <title>bioinfoer</title>
      <link>https://bioinfoer.com/</link>
    </image>
    <item>
      <title>library(magick)显示/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31\' not found</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=655</link>
      <description><![CDATA[在RStudio Server上 library(magick)显示/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.31\' not found
省流：conda下载GLIBCXX_3.4.31，然后cp到/lib64/下
报错信息：
library(magick)
Error: package or namespace load failed for ‘magick’ in dyn.load(file, DLLpa ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>galaxy</author>
      <pubDate>Tue, 24 Feb 2026 11:46:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>could not connect to the Rsession on RStudio Server,unable to connect to serervi</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=564</link>
      <description><![CDATA[新用户无法登录网页版R studio
问题：CentOS创建的新用户无法登录网页版R studio，并显示“could not connect to the R session on RStudio Server, unable to connect to server（1）”（图一）


（图一）

解决办法：
1、管理员加载RStudio Server路径的R
[root@mgt  ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>galaxy</author>
      <pubDate>Thu, 27 Feb 2025 13:41:39 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>R语言优雅搞定GEO表达矩阵的下载整理与临床数据</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=536</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

GEOquery：两分钟教你用R语言搞定表达矩阵的下载整理与临床数据，GEO数据库挖掘

# 使用方法

```
#引用包
library(Biobase)
library(GEOquery)
library(biomaRt)

#输入GSE系列号和GPL
GSE=\&quot;GSE67545\&quot;
GPL=\&quot;GPL15034\&quot;
#输入gene所在列名称,一般为Gene symb ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 09 Dec 2024 09:50:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>如何优雅的使用R语言下载GEO数据库表达矩阵</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=535</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

GEO数据库很多表达矩阵需要我们下载平台的探针注释文件，再得出基因表达矩阵。

如何优雅的使用R语言快捷的下载出来呢？

国外友人开发了geneExpressionFromGEO包。

# 使用方法

```
library(geneExpressionFromGEO)
library(limma)
library(GEOquery)

GS ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 05 Dec 2024 09:58:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>R 语言避免pdf的空白页</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=534</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

使用R语言，我们生成pdf，有时候第一页是空白页。

# 原因

pdf 函数中，有一个参数onefile ,  默认值为TRUE, 表示每张图片占用pdf 中的一页

当遇到pdf的前几页为空白时，是因为画图的代码产生了几张空白的图片

如果要消除前面的空白，只需要设置onefile  ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Sat, 23 Nov 2024 14:27:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>R语言ggplot2输出pdf中文不显示问题</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=533</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

画图时有的标签是中文的，在RStudio的工作台显示，但是输出为pdf时就是一堆省略号或者小方块。

# 解决方法

以下是其中一种解决方法，使用Cairo包：

```
library(Cairo)   ## 主要是加载包
CairoPDF(\&quot;1-MAD-point.pdf\&quot;)   ## 这一步很重要
ggplot(df, aes ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 18 Nov 2024 08:54:52 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>RStudio-server 右下角不显示图片</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=527</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

最近碰到画图不显示问题，一开始常规操作dev.off()关闭画图器，没想到还是不行

# 解决方案

升级r到4.4.1后发现

在输出library(ggplot2)或者.libPaths()会提示 当前rstudio版本过低，导致图片不显示。

1. 升级rstudio
2. 降级r

检查ubuntu 22.04lt 系统 ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 11 Nov 2024 13:36:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>R包gpuR安装报错opencl解决</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=525</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

R 4.4.1

win11

安装gpuR总报错

```
#   .onAttach failed in attachNamespace() for \'gpuR\', details:
#   call: NULL
# error: ViennaCL: FATAL ERROR: ViennaCL encountered an unknown OpenCL error. 
# Most likely your OpenCL SDK or driver is]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 07 Nov 2024 15:28:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>ggrcs报错，显示 \'termlabels\'必需是长度至少为一的字节矢量</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=512</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

列线图模型画图报错

在运行ggrcs代码的时候都出现了一样的错误，尝试summary（fit）也出现一样的报错

```
&gt; dt 
&gt; dd options(datadist=\'dd\')
&gt; fit 
&gt; ggrcs(data=dt,fit=fit,x=\&quot;age\&quot;)
Error in reformulate(attr(termobj, \&quot;term.labels\&quot;)[-dropx], resp ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Fri, 23 Aug 2024 08:51:30 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>使用R语言获取KEGG数据库基因与通路</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=414</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

有了转录组数据，需要画出某基因相关通路的其他基因的表达热图，通路和基因的关系，从KEGG数据库中获得。
通过R语言批量获取总结。

# 代码

```
rm(list = ls())  ####  魔幻操作，一键清空~
getwd()
setwd(\'D:/tmp/2\')

# 自行写代码进行KEGG富集分析时需 ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>admin</author>
      <pubDate>Thu, 11 Apr 2024 05:24:33 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>R语言中的浮点数</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=403</link>
      <description><![CDATA[[md]# 背景

使用R语言计算

```R
&gt; 0.6*7 - 0.7*6
[1] 8.881784e-16
```

出现了以上结果，本来结果应为0的。

# 原因

这实际上是电脑算法产生的细微误差，如果用\&quot;==\&quot;或者identical()，可以捕捉到这些细微误差。

```R
&gt; 0.6*7 == 0.7*6
[1] FALSE
&gt; identical(0.6*7, ...]]></description>
      <category>R语言</category>
      <author>admin</author>
      <pubDate>Tue, 12 Mar 2024 10:15:10 +0000</pubDate>
    </item>
  </channel>
</rss>