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    <title>bioinfoer - 数据库</title>
    <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=forumdisplay&amp;fid=47</link>
    <description>Latest 20 threads of 数据库</description>
    <copyright>Copyright(C) bioinfoer</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Tue, 22 Sep 2026 07:54:32 +0000</lastBuildDate>
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      <title>bioinfoer</title>
      <link>https://bioinfoer.com/</link>
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      <title>R语言挖掘Pubmed数据库</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=614</link>
      <description><![CDATA[需求描述
通过API检索NCBI的Pubmed数据库，批量获得文章信息，整理出摘要里基因的词频。
应用场景

老板交给我的这个基因好陌生，用这套代码跑出表格，一眼望去，发现它的好朋友我都很熟，于是，熟悉的思路、方法都能用上了。
文章做到第三部分卡住了，我的基因到底调控 ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Wed, 19 Nov 2025 02:52:03 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>TCGA 生存分析理论+实战</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=550</link>
      <description><![CDATA[一、生存分析的基本概念

生存时间：从规定的观察起点至事件终点出现所经历的时间长度。
生存数据：① 完全数据：准确的生存时间；② 删失数据/截尾数据：由于某种原因无法观察到事件终点出现的数据。

删失数据的原因包括：1）研究结束时终点事件未发生；2）失访；3） ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Tue, 24 Dec 2024 02:03:36 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>TCGA 临床数据的下载与整理</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=549</link>
      <description><![CDATA[背景
前面我们下载了新版tcga的rnaseq 数据,同时下载了样本的临床数据，此次就可以对临床数据进行整理了。
一、临床数据整理
rm(list = ls())  ####  魔幻操作，一键清空~
getwd()
setwd(\'C:/Users/Administrator/project_gdc2\')

#先把下载的临床数据文件解压
tar_file ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 23 Dec 2024 03:25:58 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>TCGARNAseq差异分析火山图</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=548</link>
      <description><![CDATA[背景
前面我们下载了新版tcga的rnaseq counts数据。
接下来就利用TCGA数据库的LIHC数据进行数据整理，获得我们进行差异分析需要的counts、TPM等数据。
一、处理代码
### 解压数据，创建存储文件夹----
# 我们使用命令行下载的，直接就是解压后的文件目录，可以跳过这一 ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Sun, 22 Dec 2024 14:59:07 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>24年TCGA GDC 2.0界面介绍及数据下载教程</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=547</link>
      <description><![CDATA[背景
TCGA（The Cancer Genome Atlas）GDC（Genomic Data Commons）data portal 2.0是2024年全新推出的癌症基因组数据共享平台，此版本界面采用了最先进的Web技术，为用户提供了更加直观、互动性强的数据浏览体验。新版界面的设计注重用户友好性，以直观的信息布局和流 ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Sun, 22 Dec 2024 12:00:23 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>TCGA数据库详细介绍</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=19</link>
      <description><![CDATA[背景
        TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由 National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目， 收录了各种人类癌症（包括亚型在 ...]]></description>
      <category>数据库</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 29 Nov 2021 02:37:40 +0000</pubDate>
    </item>
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