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    <title>bioinfoer - 入门基础</title>
    <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=forumdisplay&amp;fid=46</link>
    <description>Latest 20 threads of 入门基础</description>
    <copyright>Copyright(C) bioinfoer</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Sun, 05 Apr 2026 22:47:44 +0000</lastBuildDate>
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      <title>bioinfoer</title>
      <link>https://bioinfoer.com/</link>
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      <title>氨基酸密码子及逆密码子表</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=411</link>
      <description><![CDATA[[md]遗传密码又称密码子、遗传密码子、三联体密码，是指信使RNA(mRNA）分子上沿5\'端到3\'端方向，由起始密码子AUG开始，每三个核苷酸组成的三联体。它决定肽链上每一个氨基酸和各氨基酸的合成顺序，以及蛋白质合成的起始、延伸和终止。首个密码子是由美国科学家尼伦伯格 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Tue, 02 Apr 2024 05:31:03 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>SNP注释</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=380</link>
      <description><![CDATA[背景
       人类基因组测序数据分析得到的变异位点，如 SNV、INDEL 等，只是给出了位点信息，不便于解读。需要经过注释。注释主要包括基因定位、人群频率计算、进化保守性预测、蛋白功能影响预测等分析，才能用于遗传分析和解读。
       目前知的主流变异位点注释软件 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Sat, 22 Jul 2023 13:19:24 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>vcf文件</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=378</link>
      <description><![CDATA[一、背景
       VCF 是生物信息分析中非常重要的一种格式。主要用来描述基因组突变的信息，无论是检测出来的 SNP，indel，cnv，还是 SV，都可以存储格式都为 vcf 格式。从比对生成的 bam 文件中，将潜在变异信息筛选出来，就是 vcf 格式。vcf 是一种列表格式，里面包含 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 06 Jul 2023 07:15:06 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GATK变异检测</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=354</link>
      <description><![CDATA[1.变异检测


2.结果过滤 
2.1 VQSR
       准备的已知变异集作为训练集，可以是 Hapmap、OMNI，1000G，dbsnp，瓶中基因组计划等这些国际性项目的数据，然后利用训练集对每一个位点进行过滤。利用 VariantRecalibrator工具进行机器学习，ApplyVQSR 工具进行处理。 VQSR  ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 22 Jun 2023 08:21:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>bam文件处理</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=353</link>
      <description><![CDATA[1.samtools 处理
2.标记 Duplication

Duplication 对变异检测的影响

3.BQSR]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 19 Jun 2023 09:43:47 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>生成 bam</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=352</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Sun, 18 Jun 2023 08:20:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GATK 简介</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=351</link>
      <description><![CDATA[GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的 snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持 CNV 和 SV 变异信息的检测。在 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Fri, 16 Jun 2023 12:18:10 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>瓶中基因组</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=340</link>
      <description><![CDATA[一、瓶中基因组计划
       所谓瓶中基因组，来自于 Genome in a Bottle，简称 GIAB，根据字面含义就是在一个瓶子中的基因组。这个计划来自于美国国家标准与技术研究所（NIST）。这就是为了解决基因组研究中一直以来都面临的一个很大的问题，就是参考标准的问题。比如我 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Wed, 24 May 2023 10:26:34 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>人基因组分析环境搭建</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=339</link>
      <description><![CDATA[一、软件安装

二、参考序列下载 
       变异检测需要将测序数据与参考序列进行序列比对，比较二者基因组上的差异。因此在做变异检测的过程中，除了样品本身测序对分析结果有影响，参考序列同样有重要的影响。一些重要物种往往有多个版本的参考序列可供选择，因此选择 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Wed, 24 May 2023 03:46:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>拼接与reads比对方法比较</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=338</link>
      <description><![CDATA[一、拼接与序列比对检测方法比较
        变异检测有两种方案可以供选择，第一种是将测序数据与参考序列直接比对，也就是将 fastq文件与 fasta 文件进行比对，生成 bam 文件，在从 bam 文件中检测变异位点，得到 vcf 文件。
        第二种是将拼接好的基因组序列与参考 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 15 May 2023 12:23:49 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>参考序列的影响</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=337</link>
      <description><![CDATA[一、选择不同参考序列的影响？ 
       变异检测需要选择参考序列，不同的参考序列结果完全不同。目前人基因组分析都是采用一条参考序列，也就是人类基因组计划公布的版本，但该序列有多个版本，例如 hg19 和 hg38。
       虽然后续发布了很多更加完善的人基因组序列， ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 15 May 2023 10:43:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>全基因组与外显子和panel测序</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=336</link>
      <description><![CDATA[一、全基因组与全外显子以及目标区域
       全基因组测序 （Whole Genome Sequecing,WGS）： 是指利用高通量测序平台对人类 不
同个体或群体进行全基因组测序，并在个体或群体水平上进行生物信息分析的技术手段．全基因组测序可全面挖掘 DNA 水平的遗传变异，包括较大 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 15 May 2023 10:12:10 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>人基因组分析简介</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=335</link>
      <description><![CDATA[一、比较基因组学 
       在得到一个物种的基因组之后，首先可以进行结构基因组学的研究，然后进行功能基因组学。最后可以进行比较基因组的研究。
       比较基因组学是基于基因组图谱和测序基础上，对已知的基因和基因组结构进行比较，来了解基因的功能、表达机理和 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Mon, 15 May 2023 08:33:28 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>利用phyloseq可视化结果</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=334</link>
      <description><![CDATA[phyloseq：加载 phyloseq 包
从 dada2 结果中生成 phyloseq 输入文件
alpha 多样性
条形图
画树]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 13:21:11 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>dada2物种分类鉴定</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=333</link>
      <description><![CDATA[物种分类鉴定
评估结果
画树]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 12:26:12 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>利用dada2处理16S数据</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=332</link>
      <description><![CDATA[一、软件介绍
        DADA2(Divisive Amplicon Denoising Algorithm 2)是一个用于建模和修正多种测序平台（Illumina、Roche 454）测序扩增子错误的开源软件（R）包。在扩增子分析处理流程中，
        DADA2 算法能够准确地推断样本序列并寻找出单个核苷酸的差异(往往 ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 09:16:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>利用 R 分析 16S 测序数据</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=331</link>
      <description><![CDATA[背景
       由于 qiime2 不方面交互式数据探索，且使用的核心聚类算法为 dada2 软件。这里我们使用R 软件来进行 16S 的数据分析。在 R 环境中可以很方便的进行数据探索，且包含完整的统计分析功能，和数据可视化，使用 R 的 Dada2 包，polyseq 包以及 vegan 包，bugbas ...]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 02:33:27 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>不同组间丰度差异比较</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=330</link>
      <description><![CDATA[使用ANCOM差异丰度分析
查看两个人肠道的差异对比
找到差异后进行物种分类]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 02:00:37 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>物种分类鉴定及可视化</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=329</link>
      <description><![CDATA[物种组成分析       物种分类完，画条形图]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Thu, 11 May 2023 01:00:08 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>多样性分析</title>
      <link>https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=328</link>
      <description><![CDATA[一、beta多样性分析

二、Alpha多样性分析

三、置换多因素方差分析
排序是在样本元数据的背景下探索微生物群落组成的一种流行方法，对时间分析如下

四、Alpha稀疏曲线]]></description>
      <category>入门基础</category>
      <author>生信喵</author>
      <pubDate>Wed, 10 May 2023 12:15:36 +0000</pubDate>
    </item>
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