tablet以及bandage评估
tablet 可视化利用 tablet 可视化检查基因组每个位点覆盖度情况。将测序属于与拼接好的基因组直接进行 bwa 比对。查看每个位点的覆盖情况。通过 tablet 进行可视化扫描。
#与拼接结果比对
bwa-mem2 index spades.fa
bwa-mem2 mem -t 12
spades.fa ../data/clean.1.fq.gz ../data/clean.2.fq.gz >spades.sam
#samtools 处理比对结果
samtools sort -@ 12 -o spades.sorted.bam spades.sam
samtools index spades.sorted.bam
#对 spades.fa 建立索引
samtools faidx spades.fa
#tablet 可视化
#将文件拷贝至 windows 下使用 tablet 可视化
mkdir tablet
mv spades.fa spades.fa.fai spades.sorted.bam spades.sorted.bam.bai tablet
Bandage 可视化
Bandage (a Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily)，是一款用于交互式可视化基因组组装图的软件。可以直接使用例如 Velvet, SPAdes, Trinity和 MEGAHIT)的输出结果，gfa 格式。通过 bandage 可以直接查看有问题的连接区域，改善基因组拼接效果。
Bandage 可以直接进行缩放和平移图形，自定义可视化，搜索序列，提取序列等等操作。
网址：https://rrwick.github.io/Bandage/
使用说明：https://github.com/rrwick/Bandage/wiki
使用spades拼接结果中的fastg和gfa文件导入软件均可以。
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