时间比例fish图
<h1>背景</h1><p>用R画文章里的这种肿瘤克隆进化的图。</p>
<p><img src="https://tcapi.voiceclouds.cn:8444/uploads/2025/12/08/miwkj4oyfg1t0s8yrh8.png" alt="" /></p>
<p>出自PMID: 25252869文章</p>
<h1>应用场景</h1>
<p>Create timecourse "fish plots" that show changes in the clonal architecture of tumors, https://github.com/chrisamiller/fishplot</p>
<p>展示肿瘤细胞克隆进化的时间、比例等信息。</p>
<p>像例文那样，在三维时间节点上共鉴定到4个克隆群，我们可以看到其中founding clone 在三个时间点上占比都非常高，70%左右，除去这个主克隆外，还有三个亚克隆，在三个时间点上变化比较大，其中主要是subclone 1 的逐渐消失，subclone2 的逐渐扩增以及subclone 3的从无到有。</p>
<p>**题外话：**还有一个R包timescape，画clonal evolution这种鱼图也很美，https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/timescape/inst/doc/timescape_vignette.html。</p>
<p>克隆进化图有点像sankey。</p>
<h1>环境设置</h1>
<p>使用国内镜像安装包</p>
<pre><code class="language-r">options("repos"= c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("chrisamiller/fishplot")
</code></pre>
<p>加载包</p>
<pre><code class="language-{r}">library(fishplot)
Sys.setenv(LANGUAGE = "en") #显示英文报错信息
options(stringsAsFactors = FALSE) #禁止chr转成factor
</code></pre>
<h1>输入数据</h1>
<p>需要三种输入：</p>
<ul>
<li>easy_input.txt，每行表示每个克隆群在不同时间节点的VAF/CCF 占比，每列表示每个时间节点中各个克隆簇的情况。</li>
<li>timepoints，用来定义easy_input.txt的四列对应的4个时间节点。其中therapyTime列是化疗后休复期推断出的克隆群整体状况。</li>
<li>parents，与时间节点相对应的各个克隆群进化关系。例图中，“0”表示主克隆，“1, 1”表示在主克隆之后有两个平行发展的亚克隆簇，“3”表示在这个克隆簇发生时，已经有两次克隆事件。进一步根据各个时间节点，各个克隆簇占比情况，脚本便可实现。为便于理解parents的写法，结尾附上了几个例子。</li>
</ul>
<pre><code class="language-{r}">frac <- read.table("easy_input.txt", header=T, sep='\t',row.names=1)
frac
frac.table <- as.matrix(frac)
timepoints <- c(0,75,110,120) #决定了鱼头、鱼身、鱼尾的长度
parents <- c(0,1,1,3)
</code></pre>
<p>**题外话：**除了用上述方法构建输入以外，还可以用CloneEvol输出的结果作为输入，fisherplot可以跟ClonEvol（擅长画树枝图）无缝对接，详见：https://github.com/chrisamiller/fishplot里的“clonevol integration”</p>
<h1>开始画图</h1>
<pre><code class="language-{r,fig.width=10,">fish <- createFishObject(frac.table, parents, timepoints)
#设置每种clone的颜色
fish <- setCol(fish, c("#099D79", "#70C7EC", "#E8262D","#2C3789"))
fish <- layoutClones(fish)
pdf('fish.pdf', width=10, height=6)
par(mar = par()$mar + c(0,0,3,0)) #在底部留出画图例的地方
fishPlot(fish, shape = "spline", #spline，圆滑的；或polygon，直的
#title.btm = "Clonal architecture of tumors", #左下角可以写字
cex.title = 1.2, #字号
pad.left = 0.25, #鱼头的边的倾斜角度
vlines = timepoints, #画三条竖直实线
col.vline = "white", #线的颜色
vlab = c("PMF", "sAML", "sAML\nREM"), #竖线对应的文字，在画竖线的前提下才能写字
bg.col = c("#F1F2F2","#F1F2F2","#F1F2F2"), #灰色背景
border = 0.1 #每个clone的轮廓线的宽度
)
#如果三条竖线要画成虚线，就运行下面这行
#abline(v=timepoints, col="white", lty=2, lwd=1)
#添加clone的图例
par(xpd = T)
legend("bottomright",
inset=c(.7,-.3), #把图例画到图外，根据自己的鱼调整
pch=16, bty="n",
col=fish@col, text.col = fish@col,
legend = paste0(row.names(frac)," ",frac$PMF,"%"))
legend("bottomright",
inset=c(.3,-.3),
pch=16, bty="n",
col=fish@col, text.col = fish@col,
legend = paste0(frac$sAML,"%"))
legend("bottomright",
inset=c(.0,-.3),
pch=16, bty="n",
col=fish@col, text.col = fish@col,
legend = paste0(frac$Saml_REM,"%"))
dev.off()
</code></pre>
<p><img src="https://tcapi.voiceclouds.cn:8444/uploads/2025/12/08/miwksga2691c7zfl3nv.png" alt="" /></p>
<h1>后期加工处理</h1>
<p>前面输出的fish.pdf文件是矢量图，可以用illustrator等工具编辑，例如添加例文中的点、基因名，移动文字位置等等。</p>
<p>或者用<a href="https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&tid=631&extra=">https://bioinfoer.com/forum.php?mod=viewthread&tid=631&extra=</a>导出矢量图，用ppt就能编辑。</p>
<h1>附</h1>
<p>如果有更多克隆，要怎样设置parents？</p>
<pre><code class="language-{r}">frac.table <- read.table("easy_input2.txt", header=T, sep='\t', row.names=1)
frac.table
frac.table <- as.matrix(frac.table)
timepoints <- c(0,30,75,150)
parents <- c(0,1,2,0,4,5)
pdf('fish2.pdf', width=8, height=5)
fish <- createFishObject(frac.table, parents, timepoints)
fish <- layoutClones(fish)
fishPlot(fish,shape="spline")
dev.off()
</code></pre>
<p><img src="https://tcapi.voiceclouds.cn:8444/uploads/2025/12/08/miwll5jscm2krpac0ik.png" alt="" /><br />
再进一步，互相对比着看fishplot自带的三条鱼https://github.com/chrisamiller/fishplot对应的代码：https://github.com/chrisamiller/fishplot/blob/master/tests/test.R，就能掌握写parents的规律。</p>
<p>文中所用数据可以关注公众号“生信喵实验柴”<br />
<img src="https://tcapi.voiceclouds.cn:8444/uploads/2025/09/07/mf9nu72s90ofyseu9hl.png" alt="" /><br />
发送关键词“20250514”获取</p>
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