Seurat报错 Error in fixupDN.if.valid(value, x@Dim) :
本帖最后由 galaxy 于 2025-3-5 22:06 编辑<h1>Seurat报错 Error in fixupDN.if.valid(value, x@Dim) :length of Dimnames[] (54575) is not equal to Dim (54574)</h1>
<p>在我们读取公共数据库的10X文件时，可能会出现以下报错：（图一）</p>
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<p><img src="data/attachment/forum/202503/05/213240iyed8iczic386q6m.png" alt="image.png" title="image.png" /></p>
<p>(图一)</p>
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<h2>原因：</h2>
<p>可见features.tsv有54575行，比矩阵的基因多了一个，这大概率是上传者给feature文件添加了表头，我们打开看看（图二），果然，不仅多了1行表头，还多了后面5列10X官网示例文件中没有的注释信息（10X官网的文件只有前两列且没有表头）</p>
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<p><img src="data/attachment/forum/202503/05/215835uey222i2sj2i2ff2.png" alt="image.png" title="image.png" /></p>
<p>（图二）</p>
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<h2>解决方法：</h2>
<p>删掉多余的行和列，变成10X官网格式，再压缩成GZ格式,此时文件名应为“features.tsv.gz”</p>
<p>注意</p>
<p>1：文件名不对也不行哦。</p>
<p>2：除了前两列，后面的列也需要删除，否则读进去的文件会是一个list，不是一个矩阵，在后续创建seurat对象时会报错</p>
<p>get</p>
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