24年TCGA GDC 2.0界面介绍及数据下载教程
本帖最后由 生信喵 于 2024-12-22 20:14 编辑<h1>背景</h1>
<p>TCGA（The Cancer Genome Atlas）GDC（Genomic Data Commons）data portal 2.0是2024年全新推出的癌症基因组数据共享平台，此版本界面采用了最先进的Web技术，为用户提供了更加直观、互动性强的数据浏览体验。新版界面的设计注重用户友好性，以直观的信息布局和流畅的操作流程，大幅提升了数据检索的效率。</p>
<p>PS：新版功能比较多，详细介绍请查看Release Notes – GDC Docs。</p>
<p>此处，咱们以常规数据下载流程为目的简要介绍：</p>
<h1>1. 首页</h1>
<p>GDC Data Portal 2.0的标题包含常用链接和功能。<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/xo4GQlK.png" alt="1.png" /><br />
左上角是 GDC Data Portal 徽标，它链接到 GDC Data Portal 的主页。徽标下方是按以下顺序排列的链接：</p>
<p>• 分析中心：用于访问 GDC 数据门户中所有工具的中心枢纽；</p>
<p>• 项目：允许浏览 GDC 数据门户中的所有项目；</p>
<p>• 队列生成器：队列生成器工具由各种临床和生物样本过滤器组成，用于构建用于分析的自定义队列；</p>
<p>• 存储库：允许浏览与队列关联的文件。</p>
<h1>2. 分析中心</h1>
<p>对于分析中心（Analysis center），网站提供了很多方便的分析功能，大家可以自行摸索。尤其对于单个基因或者少数基因数据的获取可以基于gene expression clustering获得，不用下载完整的数据。<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/WCoGQlK.png" alt="2.png" /></p>
<h1>3，队列生成器</h1>
<p>使用数据分析和数据存储库之前需要通过队列生成器（cohort builder）创建自己感兴趣的cohort，比如TCGA-LIHC，选好之后自定义命名lihc：<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/NMfgQlK.png" alt="3.png" /></p>
<h1>4. 存储库</h1>
<p>转到存储库（Repository），选择自己的cohort，选择自己需要的数据类型</p>
<h2>4.1 RNA测序数据</h2>
<p>filter中勾选策略如下：</p>
<p>Experimental Strategy：RNA-Seq</p>
<p>Data Type：Gene Expression Quantification</p>
<p>Workflow Type：STAR – Counts</p>
<p>前俩选择好就可以了，显示如下，同1.0版本网站，add all files to cart：<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/ssRgQlK.png" alt="4.png" /></p>
<h2>4.2 miRNA数据</h2>
<p>Experimental Strategy：miRNA-seq</p>
<p>Data Type：Isoform Expression Quantification（for isoform，包含5p/3p的数据）；miRNA Expression Quantification（相当于stem-loop的定量数据，不区分5p/3p）</p>
<p>Workflow Type：BCGSC miRNA Profiling</p>
<p>同上，add all files to cart。</p>
<h2>4.3 突变数据</h2>
<p>Experimental Strategy：WSX</p>
<p>Data Type：Masked Somatic Mutation</p>
<p>Workflow Type：Aliquot Ensemble Somatic Variant Merging and Masking</p>
<p>同上，add all files to cart。</p>
<h1>5. 下载数据</h1>
<p>点击右上角购物车（Cart）进入购物车：<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/ukI6QlK.png" alt="5.png" /></p>
<p>同GDC1.0，咱们需要下载两个文件用于整合数据：Download Cart（Cart）和Download Associated Data（Metadata）。</p>
<p>下载sample sheet用于后续整理。<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/KmFPQlK.png" alt="7.png" /></p>
<p>如果网页下载cart比较慢，和以前一样，使用gdc-client下载。</p>
<p>windows命令</p>
<pre><code>gdc-client download -m gdc_manifest.2024-12-22.185431.txt
</code></pre>
<p>同时还可以下载clinic data，TSV格式和metadata即可。<br />
<img src="https://roim-picx-bpc.pages.dev/rest/3SWIQlK.png" alt="6.png" /></p>
<p>下载数据后，就可以进行数据整理了。</p>
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