Linux环境安装R包Rglpk报错
# 背景使用服务器的R语言，安装poppr包过程中，报错：
```
In file included from vendor/cigraph/src/community/optimal_modularity.c:32:
vendor/cigraph/src/internal/glpk_support.h:39:10: fatal error: glpk.h: No such file or directory
39 | #include <glpk.h>
| ^~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
```
其中主要是Rglpk包安装不上，原因是找不到共享的依赖。
搜了很多教程，有需要root管理员权限使用yum安装glpk的，秉承不随意使用root的原则，
接下来，我们以普通用户解决该问题。
# 解决方案
## 1.安装Glpk到用户目录，用于R依赖
```
cd ~
wget http://ftp.gnu.org/gnu/glpk/glpk-4.54.tar.gz
tar xfzv glpk-4.54.tar.gz
mkdir GLPK
cd glpk-4.54
./configure --prefix=/home/username/GLPK
make
make install
```
## 2.下载Rglpk包
```
cd /path/to/rpackages
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
tar xvf Rglpk_0.6-5.1.tar.gz
```
## 3.让R可以识别到依赖
因为我的R安装是使用conda安装的，所以我先激活了环境。
移动文件，并设置变量，让R可以识别到依赖。
```
mamba activate r-4.3.2
mv /home/username/glpk-4.54 /path/to/rpackages/Rglpk/src/GLPK
export LD_LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export LIBRARY_PATH=/home/username/GLPK/lib
export CPATH=/home/username/GLPK/include
```
接下来，命令行安装。
```
R CMD INSTALL Rglpk
```
安装完，Rglpk则可以正常使用，依赖于Rglpk的其他R包也可以正常安装了。
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