GATK 简介
GATK 是 Genome Analysis ToolKit 的缩写，是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件，是目前最主流的 snp calling 软件之一。GATK 设计之初是用于分析人类的全外显子和全基因组数据，随着不断发展，现在也可以用于其他的物种，还支持 CNV 和 SV 变异信息的检测。在官网上，提供了完整的分析流程，叫做 GATK Best Practices。GATK 变异检测，从 fastq 到 vcf
目前最新版本文为 4.0.4.0, 叫做 GATK4。和之前的版本相比，GATK4 在算法上进行了优化，运行速率有所提高，而且整合了 picard 软件的功能。GATK4 基于 java 语言开发的，需要 java1.8 版本。下载链接如下
https://github.com/broadinstitute/gatkGATK4 的最佳实践给出了 5 套 pipeline
1、Germline SNPs + Indels
2、Somatic SNVs + Indels
3、RNAseq SNPs + Indels
4、Germline CNVs
5、Somatic CNVs
In consequence of
IreneLox 发表于 2023-6-25 00:19
这是？-----------------------------------------------
Прием Косметолога
Дистанционно https://giacintn.ru/service/gigiena-zubov-s-breketami/Мы проводим диагностику и лечение различных видов заболеваний и нарушений мочеполовой и иммунной систем, кожных и аллергических заболеваний, органов кровообращения и пищеварения, терапию, гомеопатию, косметологические процедуры и другие медицинские услуги https://giacintn.ru/service/stomatolog/
Педиатр на дом https://giacintn.ru/services/kosmetologia/
м https://giacintn.ru/service/spravka-086-u/
Балтийская https://giacintn.ru/service/onihomikoz/
Каширское ш https://giacintn.ru/services/analiz/
, д https://giacintn.ru/o-nas/vakansii/
56, стр https://giacintn.ru/service/keramicheskie-viniry/
1 https://giacintn.ru/doctors/shevchuk/
Российский университет дружбы народов https://giacintn.ru/service/inekcija-lipolitikov/
页:
[1]