虚拟环境
本帖最后由 生信喵 于 2021-12-14 16:36 编辑背景
虽然目前使用 bioconda 可以非常方便的管理很多软件，但是由于生物软件的类型实在太多了。完全没有统一的开发平台，因此，即使利用 bioconda 还是会出现一些问题，比如需要使用的软件是基于 python2.7 版本，而安装之后的 python 版本为 3.7。必须切换到 python 2.7才能使用，这个时候就可以使用 bioconda 创建的虚拟环境。
一、虚拟环境
conda 可以创建一个隔离的软件运行环境，利用 conda env list 可以查看虚拟环境，默认安装的为 base 环境。通过 create 可以创建虚拟环境。
查看虚拟环境，*号表示当前环境
conda env list
conda environments:
base * /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3
nano /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/nano
nanoplot /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/nanoplot
py2 /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/py2
test /ifs1/Nano3/nanopore/miniconda3/envs/test
虚拟环境的一个好处是可以创建一个独立环境，在环境中可以安装指定版本软件，可以用于使用特定版本软件重复文献内容，例如安装 blast 2.7.1，samtools 1.7
查看虚拟环境
conda env list
二、利用虚拟环境安装软件
2.1 安装指定版本软件
创建虚拟环境
mamba create -n test
激活虚拟环境
mamba activate test
安装软件
mamba install -c bioconda blast=2.7.1 samtools=1.7
退出虚拟环境
conda deactivate
2.2 创建 python2.7 环境
我们最开始安装的是 minicodna3 的版本，一次默认就是 pyhton3 的版本。但是有很多软件依然需要使用 python2 的版本，因此需要创建一个 pyhton2 的环境。
创建 python 2.7 环境
conda create -n py27 python=2.7 -y
查看现有虚拟环境
conda env list
激活 python2.7 环境
conda activate py27
查看 python 版本
python -V
在 python2 中安装软件
mamba install -y blast=2.7.1
mamba install -y metaphlan2
mamba install -y humann2
mamba install -y graphlan
mamba install -y export2graphlan
mamba install -y manta
mamba install -y strelka
mamba install -y lumpy-sv
2.3 使用虚拟环境安装软件
nanoplot
conda create -n nanoplot -y nanoplot
medaka
medaka 网址：https://github.com/nanoporetech/medaka
conda create -y -n medaka -c conda-forge -c bioconda medaka
artic network
git clone https://github.com/artic-network/artic-ncov2019.git
cd artic-ncov2019/
conda env create -f environment.yml
pangolin
git clone https://github.com/cov-lineages/pangolin.git
cd pangolin
conda env create -f environment.yml
conda activate pangolin
pip install .
prokka
conda create -n prokka -y
conda activate prokka
conda install -y prokka
2.4 普通用户使用虚拟环境
如果没有将管理员的虚拟环境添加到配置文件，也可以使用这些软件，参考下面的方法。
source /ifs1/Software/miniconda3/bin/activate nanoplot
2.5 不激活虚拟环境使用
目前 bioconda 提供了一个 conda run 的模式，类似与 docker run，可以不激活虚拟环境直接运行程序，不过该功能目前还处于实验阶段，并不完善。
直接运行 py2 中的 python
conda run -n py python --version
2.6 删除虚拟环境
conda 的虚拟环境可以通过 conda env 进行管理，除了创建，还可以进行升级，导出以及删除环境等。
create ：创建虚拟环境
export ：导出虚拟环境
list ：列出虚拟环境
remove ：移除虚拟环境
update ：升级虚拟环境
config ：配置虚拟环境
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