宏基因组基因组成定量
一、salmon简介由于样品中包含的微生物丰度不同，相应的基因丰度也不同，类似于 RNAseq 中基因表达量的差异。宏基因组中同样可以对基因进行定量。利用 Salmon 软件可以对宏基因组基因丰度进行定量。salmon 是一款新的、极快的计数软件。它与 Kallisto 和 Sailfish 类似，可以不通过 mapping 而获得基因的 counts 值。Salmon 的结果可由 edgeR 或 DESeq2 等进行 counts值的下游分析。
网址：https://combine-lab.github.io/salmon/
案例：https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/salmon_tutorial.html
二、软件安装
#安装salmon
conda install -y salmon=1.4.0
三、使用 salmon 定量
#创建索引目录
mkdir salmon
cd salmon
ln -s ../prokka/mg.filter.ffn .
#建索引
salmon index -t mg.filter.ffn -i mg
salmon quant -i mg -l A -1 /share/home/xiehs/18.mags/2/illumina/ERR4007992_1.fastq.gz -2 /share/home/xiehs/18.mags/2/illumina/ERR4007992_2.fastq.gz -o mg.quant
#多个样本分析后，文件夹*.quant就可以使用以下命令合并，后续做差异分析
#合并TPM
#salmon quantmerge --quants ../salmon/*.quant -o result/salmon/gene.TPM
#合并原始reads count值
#salmon quantmerge --quants ../salmon/*.quant --column NumReads -o result/salmon/gene.count
#sed -i '1 s/.quant//g' result/salmon/gene.*
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