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本帖最后由 生信喵 于 2022-10-9 08:57 编辑案例数据：采用了 4 种呼吸道平滑肌肉细胞（airway smooth muscle cells），每种细胞均有 地塞米松治疗、非治疗两类。
4 个人体气道平滑肌细胞系，使用药物地塞米松 dexamethasone，进行比较，
样品名：N61311，N052611，N080611，N061011
分组：dex：untrt，trt
项目介绍：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA229998GEO 数据库：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778案例流程文献名：
RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
链接地址：
http://master.bioconductor.org/packages/release/workflows/vignettes/rnaseqGene/inst/doc/rnaseqGene.html 选择未处理组和地塞米松处理组样本，写进a.list文件，内容如下：
SRR1039508
SRR1039509
SRR1039512
SRR1039513
SRR1039516
SRR1039517
SRR1039520
SRR1039521#下载数据
cat a.list | while read i;do wget -c https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/${i}/${i} -O ${i}.sra;done;
#转换fastq
ls -1 *.sra | while read i;do fasterq-dump ${i};done;
#压缩fastq
pigz -p 32 *.fastq
rm -f *.sra
页:
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