生信喵 发表于 2022-10-7 23:45:59

Bioconductor

一、Bioconductor 项目介绍
Bioconductor 是建立在 R 语言环境上的,用于生物信息数据的注释、处理、分析及可视化工具包的总集,由系列列 R 扩展包组成。很多生物数据都是使用bioconductor 包来分析的。
Bioconductor 官网:
http://www.bioconductor.org/
Bioconductor 项目官网

二、bioconductor 包能做什么?
处理结构化数据,生物数据统计,分析,绘图;
处理 MicroArrays 芯片数据,RNAseq 数据,流式细胞仪数据,定量 PCR 数据,质谱数据等;
基因功能注释,GO,KEGG 等;
生物大数据的数据挖掘,机器学习等;


三、Bioconductor 包不擅长做什么?
非结构化数据处理,例如处理字符串;
很难处理序列匹配,序列拼接,序列比对等工作;
Bioconductor 统计排名:

http://bioconductor.org/packages/stats/Bioconductor workflows:
http://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Workflow
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