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生信喵 发表于 2022-8-4 19:42:22

利用garnett鉴定细胞

背景
       网站：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/
       文档：https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/docs/
      
一、软件安装

library(devtools)

install.packages("devtools")
devtools::install_github("cole-trapnell-lab/garnett") #缺依赖直接conda安装了
二、下载数据库
       https://cole-trapnell-lab.github.io/garnett/classifiers/

      
       garnett marker gene 列表

三、利用 marker 基因进行细胞鉴定
#利用marker基因进行细胞鉴定
library(garnett)

#读入10x 数据，转换为cds类
pbmc_cds <- load_cellranger_data("run_count_1kpbmcs/")
#marker基因文件
marker_file_path <- "./monocle3/hsPBMC_markers.txt"

#利用marker基因进行细胞鉴定
library(org.Hs.eg.db)
marker_check <- check_markers(pbmc_cds, marker_file_path,
                              db=org.Hs.eg.db,
                              cds_gene_id_type = "ENSEMBL",
                              marker_file_gene_id_type = "SYMBOL")
#绘图检查
plot_markers(marker_check)

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