为什么我的火山图不好看？
本帖最后由 生信喵 于 2021-11-11 11:51 编辑可视化第二弹，作图专题呢，没有看到大家的索图评论，就随缘更新吧:lol此次带来的是带标签的火山图，众所周知我们在差异分析后会得到logFC和P值的表格，继而就是经典的火山图了。那么如何做出一张好看的火山图呢？
好看：颜色顺眼 + 重点突出。颜色众口难调，重点就是你想要聚焦的哪些基因咯，如何把他们标注在图上呢？
简单的推导过程得出公式：好看的火山图=标注基因
好的，目的明确，下面开始主线内容：library(ggplot2)
library(ggthemes)#载入R包df <- read.table('all.txt',sep = '\t',header = T)#读入实例数据
df$change = ifelse(df$fdr < 0.05,ifelse(df$logFC > 0 ,'Up','Down'),'Stable')#指定分组
df$v <- -log10(df$fdr)#对fdr值做-log10转换
这是示例数据格式。文末也会分享给大家联系。eg <- df#对数据排序
for_label <- eg#选取要标注的top10，也可以自己指定基因的数据ggplot(data = df,aes(x = logFC,y = v)) + #读入数据，指定xy轴
geom_point(alpha=1, size=1,aes(color=change)) + #画点
scale_color_manual(values=c("#4DBBD5", "grey","#E64B35"))+ #设定颜色，顺序为分组首字母的排序
geom_vline(xintercept=0,lty=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线
geom_hline(yintercept = -log10(0.05),lty=4,col="black",lwd=0.8) + #画虚线
theme_few() + #ggtheme的主题之一
labs(y="-log10(FDR)") + #设置y轴标题
geom_point(size = 3, shape = 1, data = for_label) + #画标注点的外圈
ggrepel::geom_label_repel(aes(label = gene),data = for_label,color="black") #画标注点的文本最后就是结果展示了，好看你就拿走吧，学习的同时别忘了分享此文章出去哦，这也是更新的动力来源啦！ 本帖最后由 生信喵 于 2021-11-11 12:05 编辑
代码中需要用到的输入数据：差异的结果（我瞎编的数据啦）。获取示例数据请在公众号"生信喵实验柴"后台回复“20211111”。 点开之前：能有多好看，╭(╯^╰)╮
点开之后：跪谢大佬！代码抱走了！
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